写在前面:非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具,作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义,课程购买地址,讲的很棒,可以试听。 一共分为4个部分TBtools基因家族分...
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本次阅读的文献,13年发表在《current biology》上的《Three MYB Transcription Factors Control Pollen Tube...
01 什么是全基因组复制 多倍化(polyploidy)或全基因加倍/复制(whole genome duplication, WGD)事件是指基因组内的所有序列都发生重复,...
承接上一篇:采用生物信息学方法筛选和分析白癜风差异表达基因【1】 一、对象与方法 1.基因数据集分析: 从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov...
本文转载于百迈克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群体遗传学研究中,LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容,也是关联分析的...
1.选择信号分析—Fst选择信号分析 概念 Fst:群体间遗传分化指数,是种群分化和遗传距离的一种衡量方法,分化指数越大,差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群...
人非生而知之者,无论是生活中还是科研中都会遇到各种陌生事物和难题,比如这种: 或者是这样的: 此时你的心情可能是这样的: 做科研的时候碰到了这种难题,又没有系统指导的话,很可...
录制了视频介绍了使用MEGA7利用NJ法构建系统发育树的简单小例子,欢迎大家留言讨论,有帮助的话记得三连啊!这次一定 https://www.bilibili.com/vid...
最近在看论文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
当SNP/InDel calling完后,会采用annovar、SNPEFF、VEF等软件进行基因位置、数据库等的注释。 一些关键的致病的注释解释:1.splicing ...
NOTE 基于种群聚类,特有等位基因 基本概念 1 多态性条带 个人理解就是ssr引物1 在位点 扩增出的 a b 2个条带(2倍体),ab长度可能相同也可能不相同。如果a条...
需要准备的内容: 环境:Linux 或 Ubuntu,已经安装openjdk 文件:通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件:对应基因组版本的 gff...
遗传图谱构建及QTL定位的基础知识点 基因定位最有效且最常用的方法就是构建遗传连锁图谱进行基因定位,该方法对于数量性状和质量性状的基因定位都适用。 今天,小编简单讲解一下遗传...
在做遗传学时,难免会检验分离群体是否符合孟德尔遗传定律,比如3:1,1:1,1:2:1等。一般都会用卡方检验,大学时期的所学内容,但是后面逐渐忘记。。。。。 卡方(Chi-s...
当全基因组分析得到成百上千样本的变异位点vcf文件时,即可开始进行下游的一系列分析。而下游分析的首先工作,就是对得到的raw vcf文件进行筛选过滤。可以说过滤质量的好坏,直...
GWAS质控对于后续关联分析及曼哈顿图和QQ图的结果至关重要,本文参考多种资料,试图评价质控对结果的影响,为大家分析GWAS结果做一个参考。 首先文献中认为从成千上万的病例和...
本系列文章采用的数据集与代码来自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。该教程获得了许多人的推荐,是一份很详细的step-by-st...