下载安装 conda install -c bioconda seqtk 以染色体名称截取序列 seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq in...
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开篇废话一下:> 这篇日志分享的实际上是我总结了NCBI基因组上传流程并分享给组内同学参考的PPT教程,当然我们PPT上面还有16S rRNA基因的上传教程,因为是师兄做的,...
1.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下: (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量评估。 (3) 原始reads质控。 (4) 选择合适的参数...
当基因组某些区域可能有着比较高的杂合度,这会导致基因组该区域的两个单倍型被分别组装成primary contig, 而不是一个为primary contig, 另一个是ass...
一. 简介 在基因组数据分析过程中,我们可以将fastq,fasta,ONT等不同格式的数据mapping到参考基因组上,然后通过IGV进行可视化,结合GFF3文件手工对感兴...
导读 基因组浏览器(integrative genomics viewer, IGV),一种高性能的基因组可视化工具。下面是测序数据比对基因组,IGV可视化基因组和mappi...
LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。LTR讲解[https://www.jianshu.com/p/a93cdbc36339]部分转载自https://www.ji...
文章仅是记录自己的学习使用,有错误请指出,我立刻改正! 官方说明:https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki[http...
PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
写在前面:非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具,作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义,课程购买地址,讲的很棒,可以试听。 一共分为4个部分TBtools基因家族分...
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AU...
准备训练集和测试集 根据Augutus的官方教程,可靠的基因结构序列的要求如下: 提供基因的编码部分,包含上游几KB。通常而言,基因越多,效果越好,至少准备200个基因以上。...