1. 软件简介 CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件，主要用于生物信...
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CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图 -
PlantCARE预测植物启动子-顺式作用元件启动子 启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被...
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9.4 GWAS：显著性阈值确定——GEC常用的显著性阈值确定方法是：Bonferroni correction = 显著性水平（0.01/0.05）/检验次数（number of detected markers）...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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phASER 计算等位基因表达
等位基因的特定表达（allelespecificexpression，ASE）数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式（cis）调...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言，随着测序深度的增加，基因种类以及可变剪接体的数目也会...
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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生物信息说人话系列-GWAS分析
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GWAS分析-说人话（20）-单倍体关联分析前言 来到这里，已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到，我把我最厌恶的东西写出来， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，这一小节吐槽官网的这一行代码，大神请...
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Motif和domain的区别Protein domain： 结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结...
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RNA-seq数据的基因共表达网络分析刘小泽写于18.10.24最近开始写第一篇英文小论文，练练手，为将来写英文大论文做准备 目录 1 背景 Background Types of biological netw...
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如何区分基因的显性效应(Dominance effect)和上位性效应(Epistatic effect)基因的上位性效应和显性效应听名字就觉得挺绕的，听起来就是一个基因对另一个基因的压制效果，网上的介绍看起来云里雾里，还搬来染色体，标记的性状，感觉更加复杂了。 基因的显性效应 ...
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Matrix eQTL分析目前针对QTL分析有很多软件，比如Plink、 Merlin、R/qtl、FastMap等等,今天给大家分享一下如何使用Matrix eQTL进行分析。首先我们先了解一下什么...
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GWAS质控要点GWAS质控对于后续关联分析及曼哈顿图和QQ图的结果至关重要，本文参考多种资料，试图评价质控对结果的影响，为大家分析GWAS结果做一个参考。 首先文献中认为从成千上万的病例和...
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SnapGene软件教程之分子克隆功能&技术原理最近在做克隆载体，入手了一款非常好用的软件SnapGene。网上教程挺多的，其中最推崇四方居士的视频教程，在优酷上可以直接观看。 这款软件用来绘制图谱，编辑序列，设计引物，重...
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R语言可视化（十六）：PCA图绘制16. PCA图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 加载示例数据 使用prcomp函数进行PCA分析 使用基础plot函数绘制PCA图 使用ggplot2包绘制PCA图...
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R语言常用配色大全R内置基本配色 R自带的grDevices包含有以下调色板： R中色彩相关的函数 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函数可以扩展颜色...
