# 1. 初步使用 运行下面几行代码,初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 详细使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges 保存peak数据。ChIPpe...
# 1. 初步使用 运行下面几行代码,初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 详细使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges 保存peak数据。ChIPpe...
(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附带一个补充的bismark_methylation_extractor脚本,它对Bismark结果文件进行操作,并对每个C进...
前言 ChIP-seq 技术是研究蛋白质与DNA相互作用的重要手段,被广泛用于揭示转录因子和组蛋白修饰在全基因组范围内的结合位点的分布情况。近年来,随着实验技术的发展和测...
写在前面 2020年,TBtools文稿发表后,我们就开始思考,主要是两个问题:1)没有经费支持,一直用爱发电,到底还写不写?写下去依然得不到一些人的认可,是否值得继续写?当...
将Agrigo GO 结果直接保存成分割好的tsv格式:1.下载txt 2.使用cat命令将txt转换成tsv
Linux xargs 命令 xargs原理剖析及用法详解 1. 为什么需要xargs命令 1.1 管道|的缺陷 管道实现的是将前面的输出stdout作为后面的输入stdin...
一、背景介绍 通常,BED文件的overlap/intersect的操作,可以BEDtools intersect功能完成overlap和统计:Bedtolols inter...
xargs与管道有些类似,下面举例来详细讲一下两者单区别: 输出: 使用xargs命令: 输出: 可以看到 echo '--help' | cat 该命令输出的是echo...
1、为什么要画韦恩图? 在对两个或多个样品之间基因集合比较,查看多少基因是几个样品共有,多少基因是几个样品特有,基因之间的交集是怎样的,我们会采用韦恩图来表示。 2、实现过程...
不同的时空以及不同的条件下差异基因分析是RNAseq分析的重要目标。差异表达分析方法包括:基于Read数目:DESeq、limma和edgeR;基于组装技术:Cuffdif和...
还在利用hisat, tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组(转录组)上,然后统计每个基因的count数么?试试这些不需要比对,速度更快的工具吧。 Salmon...
这里是佳奥! ChIP-seq分析的最后一篇。让我们开始吧。 序列motif往往是DNA上的反复出现的模式,并被假设拥有生物学功能。而且,经常是一些具有序列特异性的蛋白的结合...