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【代谢组学】1.代谢组学简介
基本概念 代谢物：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。...
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5. 基于OTUs的alpha多样性指数计算和可视化简介 1. 物种丰富度指数(Species richness)：群落中丰度大于0的物种数之和，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物种...
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生物信息学
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免疫学相关多样性指数
1. Chao1多样性指数[http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1074963.html] chao1是度量物种丰富度的指标，它和丰...
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行船于海，望眼星辰
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多样性指数：辛普森指数和香农-维纳指数【导读】多样性指数是一种量化指标，可反映数据集中有多少种不同类型，并且可以同时考虑到这些种类的个体分布之间的系统性关系，例如丰富性，差异性或均匀性。常用的多样性指数有辛普森多...
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三代组装之flye
方案1: 不纠错直接组装。输入数据分为两种情况，一种是用所有的原始数据（包括长度过滤2K/5K以下），一种则是选择最长的30X, 40X作为输入。 miniasm: http...
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linux下的find文件查找命令与grep文件内容查找命令
linux下的find文件查找命令与grep文件内容查找命令 在使用linux时，经常需要进行文件查找。其中查找的命令主要有find和grep。两个命令是有区的。 区别：(1...
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kmer分析的几款软件介绍1.jellyfish 运行jellyfish 2.使用 GCE 进行基因组大小评估 GCE 软件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 两支程序。前者用于进...
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主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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基因结构注释（2）：同源注释同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的基础上，根据基因信号如剪切信号、基因起始和终止密码子对基因结...
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4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungapped alignment to ...
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linux sed 替换（整行替换，部分替换）、删除delete、新增add、选取
sed是一个很好的文件处理工具，本身是一个管道命令，主要是以行为单位进行处理，可以将数据行进行替换、删除、新增、选取等特定工作，下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式为...
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Biopython之gbff转gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因组数据库常见的基因组genebank格式文件，在实际分析中，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff转换gff格式的需求image.png ...
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HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据
HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下： 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成b...
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生物信息从业者，关注AI制药、癌症、微生物领域
