基本概念 代谢物：所有分子量小于1500Da的小分子物质，包括糖类、核苷、有机酸、酮类化合物、多肽、氨基酸、有机胺类、醛类化合物、脂质、萜类、类固醇、生物碱、小分子药物等等。...
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【代谢组学】1.代谢组学简介
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5. 基于OTUs的alpha多样性指数计算和可视化简介 1. 物种丰富度指数(Species richness)：群落中丰度大于0的物种数之和，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物种...
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免疫学相关多样性指数
1. Chao1多样性指数[http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1074963.html] chao1是度量物种丰富度的指标，它和丰...
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多样性指数：辛普森指数和香农-维纳指数【导读】多样性指数是一种量化指标，可反映数据集中有多少种不同类型，并且可以同时考虑到这些种类的个体分布之间的系统性关系，例如丰富性，差异性或均匀性。常用的多样性指数有辛普森多...
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三代组装之flye
方案1: 不纠错直接组装。输入数据分为两种情况，一种是用所有的原始数据（包括长度过滤2K/5K以下），一种则是选择最长的30X, 40X作为输入。 miniasm: http...
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linux下的find文件查找命令与grep文件内容查找命令
linux下的find文件查找命令与grep文件内容查找命令 在使用linux时，经常需要进行文件查找。其中查找的命令主要有find和grep。两个命令是有区的。 区别：(1...
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kmer分析的几款软件介绍1.jellyfish 运行jellyfish 2.使用 GCE 进行基因组大小评估 GCE 软件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 两支程序。前者用于进...
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基因结构注释（2）：同源注释同源预测(homology prediction)利用近缘物种已知基因进行序列比对，找到同源序列。然后在同源序列的基础上，根据基因信号如剪切信号、基因起始和终止密码子对基因结...
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4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungapped alignment to ...
