Neighbor Joining是一种bottom-up的聚类方法，常被用于系统发育树(phylogenetic tree)的构建当中。 Naruya Saitou[http...
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算法 | Neighbor Joining法建树浅析 -
bioinfo100-第18题 高通量比对的质量MAPQHello 大家好！ 我们又见面了！ 今天我们接着昨天的内容，为大家介绍一下比对的质量MAPQ。 在我们BBQ100的第1问中，我们就问了大家一个问题FASTQ格式中的第4行...
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scihub上搜一下应该有，或者google搜一下。这篇文献不难找，文献名就文中第一个图片
核酸热力学介绍（DNA）
宏基因检测病原已有多篇专家共识陆续发表，管理规定相对成熟。除了宏基因技术，多重PCR扩增结合高通量测序因具有高性价比、分析速度快、灵敏度等优势在病原进行检测中具有重要地位。 ...
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文献学习01：DNA重复区域和二代测序粗读了文章中的几张图片，整理笔记如下。 DNA重复 人类基因组包含大量DNA重复区域： 这些重复区域在染色体上分布情况如下： 重复区域的比对 虽然一个基因可能有多拷贝，当拷贝...
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NGS的变异检测高效工具Sentieon使用体验
安装 以目前的20180806为例，下载并解压缩 之后需要将软件的安装位置加入到环境变量PATH中。 此外需要申请一个许可证文件，并且输出一个环境变量SENTIEON_LIC...
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GATK：HaplotypeCaller变异检测本文是阅读一个做算法的文章，有些收获和想法，作为一种记录我们在使用gatk call snp的时候，常常使用HaplotypeCaller这个参数，这个参数的目的是检测出用来...
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conda迁移环境
conda-pack迁移免去安装软件的苦恼！具体教程可参考Conda 环境迁移 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/8...
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失业后如何快速找到下一份工作
针对刚毕业的小伙伴，好不容易凭着应届生身份找到一份心仪不错的工作，结果没想到实习期还没过，就被公司裁员（ps：此处大声哭泣😭😭😭） 这时候焦虑以及自我否定的感觉会占据我们的大...
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16S rRNA16s rRNA结构 大体结构如下： 不同物种高变区域起始和终止位置稍有不同。 16s rRNA序列提取 根据gff，基因类型只保留rRNA，剔除exon和CDS。githu...
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bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No ...
问题 artic（conda安装）对新冠三代扩增子数据进行分析，但是运行artic minion流程时，调用bcftools出错，内容如下： 资料搜索 gsl是c语言编写的与...
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Rmarkdown渲染pdf
根据链接[https://zhuanlan.zhihu.com/p/96993644]安装rticles包，选择CTeX Documents创建rmarkdown文件，可以避...
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用泊松分布解释 NGS 测序数据的 duplication 问题
tags： NGS duplication 不管从哪个角度看我们都希望测序仪产出的数据中 duplicate 率尽量低。怎样降低 duplicate 率？ 构建文库时，核酸提...
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核酸热力学介绍（DNA）宏基因检测病原已有多篇专家共识陆续发表，管理规定相对成熟。除了宏基因技术，多重PCR扩增结合高通量测序因具有高性价比、分析速度快、灵敏度等优势在病原进行检测中具有重要地位。 ...
