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R语言机器学习与临床预测模型19--生存分析之Fine-Gray检验 -
临床预测模型+机器学习（R语言）0——1章 0、课程简介 建议先学习R语言有关的统计学课程 参数化模型和半参数化模型有回归系数beta;而机器学习没有参数。正则化技术作为变量筛选方法：包括岭回归、lasso...
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Seurat4.0系列教程16：多模式参考映射注释细胞此教程介绍了将查询数据集映射到参考数据集的过程。在此示例中，我们映射了 10X Genomics的（2，700 个PBMC）的scRNA-seq 数据集，到我们最近发表的 C...
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单细胞转录组学习笔记-13-差异分析及KEGG注释简介
刘小泽写于19.8.7-第二单元最后一讲：差异分析及KEGG注释简介笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http:...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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使用SCENIC分析singlecell-RNAseq实战演练SCENIC全称：Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering实战之前需要准备的学习资料：1.阅读关于SCE...
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「文献05」深度学习应用于基因组学的入门指导日期：2019年2月2日——2019-Week5分类：「综述+资源」题目：A primer on deep learning in genomicsDOI: https://...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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详解：基因集富集分析GSEA1） Why GSEA？ 传统KEGG（通路富集分析）和GO（功能富集）分析时，如果富集到的同一通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎...
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TCGA学习01：数据下载与整理TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 - 简书 TCGA学习04：建模预测-cox回归 - 简书...
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TCGA数据库下载：多种方法及优缺点介绍在TCGA数据库下载文件有很多种方法： 一.利用R语言下载（本文重点介绍这个） 方法1：TCGAbiolinks包（首推这个方法！！目前没发现明显缺点） 方法2：RTCGAT...
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使用python处理生物信息数据（一）趁疫情被封闭在家，学习一下python，之前尝试过看过perl的书，代码看得我一脸懵逼，python乍看上去和蔼可亲多了，再加上有个师兄鼓励和推荐学习python，找了这本书...
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TCGAbiolinks全解析
部分一 第一步、数据下载阶段 第二步：GDCdownload()下载GDCquery()得到的结果 第三步、数据处理 第四步：TCGAanalyze_Preprocessin...
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