说到deeptools，[https://www.baidu.com/link?url=6F9PeldteljlCkBMSOkg1_W9oDlmyJQvYqxFSPXmN5h...
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deeptools？还可以这么用！ -
软件9 —— MACS2
一、 基本介绍 ※ 峰识别（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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2个Chip-seq样本差异peak分析因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。 对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。 具体命令如下： ma...
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DiffBind 2.10版本安装1. 首先选择R 3.5.1（July）版本 ，该版本对应的是DiffBind2.10 下载网站：Index of /bin/windows/base/old/3.5.1 (...
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DiffBind安装（二）DiffBind包现在更新了，但是我还是习惯了用旧的版本，由于我的R语言更新到了4.0，默认安装DiffBind的最新版本，所以我又下载了R语言3.5版本，安装上DiffBi...
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生信分析：几十款差异peak分析软件，用这两个就够了前一篇推送为大家解读了今年发表在GB上的关于ChIP-seq峰差异分析工具的测评，文章的最后作者对不同应用场景提出了最合适的分析工具，整体而言也就是MACS2/bdgdiff...
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deeptools可视化ref1：deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 | 生信菜鸟团 ref2：如何使用deeptools处理BAM数据 - 生信技能树 ref3：The too...
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【ChIP-seq 实战】八、可视化（deeptools部分）这里是佳奥！ 找到了peaks以及peaks的分布，我们继续学习deeptools软件的更多内容。 先前我们学习了利用deeptools，把bam文件生成bw文件。 1 准备...
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1-4 cuttag尝试中的一些图和数据Alignment summary发现数据的匹配率很低，比如：O1_L1样品的bowtie2.txt为：26594607 reads; of these:26594607 (...
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Cut&Tag数据分析流程（一）
写在开头：在表观遗传学领域，染色质免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白质（转录因子、组蛋白修饰等）与染色质相互作用的传统方法，可以分析特定蛋白在整个基因组上的分布情况。但是由于Ch...
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【ATAC-Seq 实战】五、peaks、motif注释这里是佳奥！新的一年，ATAC-Seq的学习也进入了尾声。 让我们开始吧！ 1 peaks注释 统计peak在promoter，exon，intron和intergenic区...
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文献阅读笔记：CUT&Tag之前学习了CUT&RUN的一篇综述，在CUT&RUN的基础上，最近的一项更新的技术CUT&Tag也被发表出来了。这篇文献是2019年发表在Nature Communicati...
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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conda的安装与使用（2021-04-27更新）存档版2021-04-27 update: 更新了提供conda镜像的大学的列表2021-04-13 更新预告: 本来打算在阅读量过40万的时候更新一遍新的内容的. 但是时间精力实...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
