RSEM对接DESeq2的这个链接我看了，就是取整数，之后按照常规的流程标准化
ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说： The imba...
发简信
IP属地：浙江
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用linux系统的服务器（笔记本2小时处理一个样本。。。）对fastq文件进行操作
ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说： The imba...
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1 150是表示在150个样本以上有表达
2 你可以下载RSEM TPM数据，之后提取健康对照样本与疾病样本ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说： The imba...
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2018年春,有文物收藏者从日本购回一批原为罗振玉旧藏的古代铜活字,并邀请国内钱币学、金属学、版本学、文献学和印刷史学科的学者进行鉴定研究,于3月8日在北京召开"中国早期青铜活字重大发现学术论证会"。与会学者初步认定,这批活字是中国古代青铜活字,制作年代在宋元时期。这是印刷史研究中第一次发现中国早期铜活字,具有重要的学术价值。
世界公认最古老金属活字印刷品
国际公认活字印刷术是韩国人。要想在联合国将活字印刷的发明权申请成功是必须要有确凿证据的，韩国在证据方面能准确拿出活字实物和印刷物文物两手确凿证据。第一个证据是世界公认最古老金...
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感谢博主，我漏了Idents，subset不出来，你这个代码一下就解决了我的问题
单细胞多样本混合Seurat对象取部分样本下游分析
###肿瘤样本提取 Idents(seurat_obj) <- "orig.ident" ##Idents函数定义要取的类别 sub_tumor<- subset(seur...
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单细胞多样本混合Seurat对象取部分样本下游分析
###肿瘤样本提取 Idents(seurat_obj) <- "orig.ident" ##Idents函数定义要取的类别 sub_tumor<- subset(seur...
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哟 这不是我梦总吗？博主是技能树的学员。
3大差异分析r包：DESeq2、edgeR和limma
做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还是<10就代表了这个样本是正常...
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ssGSEA算法原理及应用TCGA数据zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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复现：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程，但是发现了几个不一样的地方，所以重新整理流程，代码主要来自原作者Juan_NF。 文...
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博主你好。感谢你提供的方法指导。请问方法3中你提到p需要显著，请问通过什么样的代码实现计算p呢？谢谢
2021-08-19WGCNA确定目标模块后如何找模块内的hubgene
WGCNA 分析确定重要模块之后，如何找模块内的hubgene？ 想找hubgene,必须先理解其概念：网络中处于核心位置的点（基因）。在WGCNA中，由于进行了无尺度化处理...
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我认为RSEM虽然是小数，但是和count一样不能出现负数。因此写代码：giloma_RSEM[giloma_RSEM < 0] <- 0
ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说： The imba...
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如果出现负数，则视为0哦。
ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说： The imba...
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之前通过邮件联系了小洁老师。为了方便大家一起学习TCGA数据库，现在我将问题和回答贴出来。问题是做差异分析，UCSC数据库的样品比TCGA（TCGA无癌旁，需要用健康人的组织，RSEM数据）少了两三个，这种情况下做差异分析，有没有关系。（UCSC数据库是从上游开始分析，部分新增样本没有收录）小洁老师说这种情况很普遍，相差个别影响不是很大。在论文里如实说明即可。
ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战
0.缘起 很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。这个GEPIA的文章里说： The imba...
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提醒下同学们，小洁老师这里只是给大家演示怎么提取TNBC样本，提供一个思路上的参考。具体TNBC要怎么提取，同学们还是得模仿外国学者论文中的method以及TNBC的方法进行梳理。TCGA的TNBC样本并不止120多个哦。
找出TCGA里面的三阴性乳腺癌样本
0.需求 从乳腺癌样本中筛选出TNBC样本。 三阴性乳腺癌（TNBC）是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体-2（Her-...
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看了文献还是没学会，而且有预算，你可以私信我。
找出TCGA里面的三阴性乳腺癌样本
0.需求 从乳腺癌样本中筛选出TNBC样本。 三阴性乳腺癌（TNBC）是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体-2（Her-...
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你先去看文献，学习下外国学者怎么提取TNBC样品的。
找出TCGA里面的三阴性乳腺癌样本
0.需求 从乳腺癌样本中筛选出TNBC样本。 三阴性乳腺癌（TNBC）是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体-2（Her-...
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对，三阴需要结合临床知识去判断，并不是按照直接那样去提取。
找出TCGA里面的三阴性乳腺癌样本
0.需求 从乳腺癌样本中筛选出TNBC样本。 三阴性乳腺癌（TNBC）是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体-2（Her-...
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之前通过邮件联系了小洁老师，为了方便大家一起学习TCGA数据库，把问题和回答贴出来。问题是做差异分析，UCSC数据库的样品比TCGA（TCGA无癌旁，需要用健康人的组织，RSEM数据）少了两三个，这种情况下做差异分析，有没有关系。（UCSC数据库是从上游开始分析，部分新增样本没有收录）小洁老师说这种情况很普遍，相差个别影响不是很大。在论文里如实说明即可。
简书答疑公告
其实我转移到了别的平台，简书很久才看一次，评论看到的时候基本已经过去很多天，另外平时工作繁忙，很少有功夫回复。如果是跟我的教程学习，有卡住的情况，迫切需要我帮助的问题，请参考...