目前的情况估计北京的学校半年都开不了学，简直快把做实验的生物狗逼成捣腾数据的程序猿了，再不开学都快忘了实验怎么做了。现在发现了数学是限制我学生信的最终原因，不过生物学这边更注...
IP属地：上海
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遗传学 博士研究生在读
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空间转录组国产平台之光------STOmicshello，大家好，又周四了，感觉自己什么都没干，时间就过完了，一想起时间如此的快速，特别伤心，比当初被踹还严重。 今天我们要继续空间转录的内容，不过今天我们需要介绍一个国产...
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10X空间转录组和10X单细胞数据联合分析方法汇总大家好，新的一年开始了，我们又要投入到紧张的工作中去了，作为一名10X空间和10X单细胞分析的生信人员，也要开始新一年的工作了，但是，正可谓磨刀不误砍柴功，总结也是一种进步，...
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Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附带一个补充的bismark_methylation_extractor脚本，它对Bismark结果文件进行操作，并对每个C进...
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CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
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如何优雅的阅读Seurat包20211109（周二）1.今天准备学习scanpy单细胞分析包，走在路上想，我用seurat和scanpy的意义在哪里，多学一个软件吗？学习软件后面的代码逻辑 远远大于学会...
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Motif分析百宝箱（一）
作者：snail审稿：童蒙编辑：amethyst What's Motif? 模体（Motif）是指序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式；与转录因子、组...
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厦大本科，清华生科院博士生在读，对表观遗传，计算生物学，发育生物学领域感兴趣
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【r<-函数】do.call的使用
do.call这个函数是我在搜索问题时会看到别人经常使用的一个函数，心生好奇，这次来看看它的用法。 从文档来看，do.call可以通过名字构建和执行函数，并且将参数以列表的形...
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结构变异SV分析(WGS/WES)和融合基因检测（RNA）
69种工具检测SV对比 https://www.jianshu.com/p/85ff211b4b4e[https://www.jianshu.com/p/85ff211b4...
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69种软件检测WGS结构变异SV的算法评估前言 最近在研究低深度WGS数据检测SV变异，测试了很多个软件，一直没有一个准确的结论。周一很巧地发现了这篇文章，作者收集了市面上几乎所有的SV检测工具，用真实数据和模拟数据...
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为啥一定要用残差图检查你的回归分析？先说残差图究竟是什么鬼。 残差图是指以残差为纵坐标，以任何其他指定的量为横坐标的散点图。(上图仅是残差的示意图，非残差图，残差图可见下文) 用普通最小二乘法(OLS)做回归分...
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左手代码，右手写作：你必须会的Jupyter Notebook在数据分析的道路上，你一定曾有过为新发现而激动不已的时刻，此时你急于将自己的发现告诉大家，却遇到了这样的问题：如何将我的分析过程清晰地表述出来呢？ 为了能与同行们有效沟通，你...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq简介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...
