本文亮点 整合生物信息学和多组学方法对于识别和确定复杂性状和疾病中的因果遗传变异至关重要。 小鼠的Pla2g4e基因案例研究说明了使用调控元件内的SNP来缩小致病变异范围的实...
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搜索致病遗传变异的生物信息学方案 -
MegaLMM结合表型组（数千性状）在动物遗传育种应用探索研究流程图 摘要 背景 随着动物表型组学（遥感等）和深度表型（多组学数据）分析的快速发展，可以从每个个体获得数千种传统（但也有分子）表型。然而，在动物育种方面，如何处理如此大...
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综述：动物表型组学：利用人工智能、大数据、可穿戴设备和物联网进行高通量家畜表型分析文章要点 随着遗传数据越来越容易获取，表型分析取代基因分型成为遗传学研究的瓶颈。 使用机器学习（通常称为“人工智能”）生成身体测量值和活动数据的新型可穿戴设备和相机或录音机等...
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饲料效率和肠道甲烷排放指标与瘤胃微生物组成结果不一致亮点 • 与饲料效率和甲烷排放相关的瘤胃微生物群的结果受到所用指数的影响• 特定的瘤胃微生物分类群与每个指数相关• 标准化饲料效率和甲烷排放指标对于准确评估瘤胃微生物群的重要...
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从遗传关联到基因：方法、应用和挑战 (综述)重点 将全基因组关联研究 (GWAS) 与分子数量性状位点 (xQTL)（包括背景依赖性 (cd)-xQTL）跨多个组学水平相结合，有助于揭示 GWAS 信号背后的假定因果基...
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R绘图：ggplot2绘制火山图火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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全基因组序列数据对家畜全基因组关联研究的贡献：结果和观点综述的主要结论 全基因组序列数据的采用并没有导致对因果变异进行更精细的绘制。 更大的样本量和多样性比更高的变异密度更有利。 多品种全基因组关联研究或荟萃分析提高了检测能力。 ...
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表观组学数据用于基因组选择文章名字翻译：通过家畜物种表观基因组数据的调控特征筛选和评估功能变异 摘要 背景： 基因组调控区域中的单核苷酸多态性 (SNP) 和小插入/缺失 (2-50bp) 可能会影响...
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这个给出的是每条序列代表一个体； 一般测序只会给你SNP位点上的一个碱基；一般分析是不考虑三个或多个等位基因
1-群体遗传的基础介绍
群体遗传学狭义上是指分子群体遗传学，主要是研究基因组内突变在群体中频率的升高或降低。研究内容有：群体结构，迁移史，群体有效群体大小。通过一些模型对上述内容进行分析。 以下前5...
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学习Bayes-软件前一段时间进行了Bayes培训，所以想总结和进一步学习Bayes方法。主要是用来估计SNP的效应(GWAS)和应用不同生物信息给SNP权重，提高GP的准确性 Bayes算法简...
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Genotype data ID处理
因为动物的ID长短不同，但是BLUPF90软件进行分析时，要求ID必须相同，可以做如下处理：Linux 自己使用awk '{printf "%-16s %-566170s \...
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Adobe Acrobat Pro DC 2022 软件下载安装详细教程软件介绍 Adobe Acrobat Pro DC 2022是一款由Adobe官方推出的PDF编辑和阅读软件，是目前互联网上最专业最优秀的桌面pdf解决方案，它将全球最佳的P...
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在没有系谱信息的情况下对热带肉牛进行多品种基因组评估此文章是Ben J. Hayes作为一作发表在GSE上。其提出的新模型可能非常有利于我国地方品种动物的遗传估计。所以进行翻译和分享。 背景 在多品种热带肉牛群体中实施基因组选...
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本公众的三个合集（文献总结，算法与软件，模型）已经写了近三年的博客，对过去的发表内容进行了一个简单总结，分为了三个合集。如果有需要查看的，可以直接查看集合链接。 1. 文献总结 链接：https://mp.weixin....
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多组学结合基因组来增加基因组预测（GP）的准确性最近参加了EAAP会议，听了 Ole F. Christensen报告了将多组学数据加入到GP中的报告。 其测试的结果是：微生物组(https://doi.org/10.31...
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动物育种中的递归模型（Recursive models）：解释、限制和扩展我们经常使用多性状模型探索多个性状之间的遗传相关性。但是如果我们想知道几个性状之间的因果关系，就需要使用递归模型（也称为结构方程）来探索。如最近的文章：使用贝叶斯学习和基因组...