写在前面 很多时候，我们总是有「宏图伟略」。事实上，绝大多数设想和计划都是美好的，出问题常常其实是在执行环节。换句话说，不用那么复杂的设想，也不拥有那么完美的计划，因为决定最...
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视频讲演 | 零基础GFF3/GTF文件操作~启动子、CDS、mRNA序列提取~ -
跟着Nature Communications学习Hisat-Trinity-PASA等分析流程一边学习，一边总结，一边分享！ 详细教程请访问：组学分析流程[https://mp.weixin.qq.com/s/aL3xDQdkYXSCoXwvapQFtQ] 本期分析流...
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hifiasm 单倍型组装： 挂载后手动调整嵌合错误记录下如何手动解决hifiasm 装单倍型失败的例子， 许多之前做过的分析，写过的脚本，没整理都有点模糊了，遇到同样的问题又要重新想一遍。所以还是对典型问题多记录一下，帮助自...
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69种软件检测WGS结构变异SV的算法评估前言 最近在研究低深度WGS数据检测SV变异，测试了很多个软件，一直没有一个准确的结论。周一很巧地发现了这篇文章，作者收集了市面上几乎所有的SV检测工具，用真实数据和模拟数据...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
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三代ONT甲基化相关分析软件
一、deepmod 1、三代测序得到的fast5文件是muti fast5，一个fast5文件里面有4000条fast5序列，deepmod不支持muti fast5，需要拆...
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snakemake使用笔记
snakemake是一个用来编写任务流程的工具，用python编写的，因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂，易于理解。 一、从一个简单的例子开始 1、安装snakemake 安...
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snakemake--我最喜欢的流程管理工具使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者对已有的工具进行很好的分...
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基因组序列分析中，序列一致性指的是什么？
基因组序列分析中，序列一致性指的是什么？[https://www.jianshu.com/p/1bafd29ba338] 上方为原文链接，下文是为了连接失效后备份学习查看，若...
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PacBio长序列纠错软件之LoRDEC
三代数据中错误主要是随机错误和Indel，一方面可以通过CCS、Arrow等三代内部自纠错，另一方面也可借助二代高通量短序列进行进一步纠错。目前已经有几款工具，本文主要介绍L...
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Nanopore测序的基因组组装策略最近拿到了nanopore的数据，尝试对其组装。目前用的是Canu，预计2个月内才能走完第一波分析，速度实在感人，所以翻了翻文献，找找组装方法。 目前Nanopore卖点主要...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备: 一共会分析mouse, r...
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Nanopore：使用albacore进行basecalling使用 Nanopore MinION 进行单分子DNA测序，产出的结果是 fast5 文件，我拿到的结果中有400多个数字编号的件夹，每个文件夹里面4000个 fast5 文...
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Nanopore测序技术必知必会最近得知王通老师Nanopore测序技术的培训课在B站免费了，那一定是要跟进一波了。王老师在2019年下半年在公众号以四十八个专题分享了Nanopore测序原理、应用以及数据...
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三代测序入门移步github 测序原理 共有的特点： 优点：无需前期扩增，不引入偏向性；读长长缺点：错误率高； 10X Genomics：Illumina二代测序的升级版 10X Gen...
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周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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生物信息学
一、生物信息学研究方向： 1.序列比对： BLAST算法、FASTA算法。 2.蛋白质比对。 3.基因识别分析： 测量密码区密码子（codon）的频率，一阶和二阶...
