直方图通过在x轴上将值域分割为一定数量的组，在y轴上显示相应值的频数，展示了连续型变量的分布。可以使用hist()函数创建直方图 hist()用法 hist(x, break...
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R010 基本图形-直方图hist() -
R语言绘图（ggplot2、ggpubr）从入门到精通02--柱状图和直方图本系列课程要求大家有一定的R语言基础，对于完全零基础的同学，建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用...
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绘制有相关性信息和边际直方图的完美散点图更好的阅读体验>> 散点图常用于展示两个变量之间的关系。下面将首先展示如何在R中绘制散点图；使用ggpubr包中的函数来添加相关系数和显著性水平；还将介绍如何进行分组着色以及...
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mRNA-seq学习（三）：htseq-count计数htseq-count计数的相关内容前面在不同的学习阶段写过两次，分别是合并htseq-count的结果得到count matrix和htseq-count的一个坑，其中第二...
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RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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2020-01-11 了解FASTQ格式并处理FASTQ文件FASTQ文件格式是测序仪展示数据的标准格式，可以看成FASTA文件的变种（FASTA+Q），因为其包含了对序列中每个碱基的Qualify Measurement。（如：碱基...
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R入门1 R入门与基础绘图系统学习笔记我的R学习领路人是北大生信在读博士孟浩巍，学习R是从参加他的知乎live课程《R入门与基础绘图系统》开始的，从第一次讲座时间到现在虽然才过去不到一周，但我已经可以把R当做一个...
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【r<-安装】从源安装R3.5 （Ubuntu 18.04LTS）
遇到编译问题和报错，可以参考下面两篇博文： ubuntu上安装R的时候遇到的问题总结 CentOS 下 R 的安装 自定义修改提示符，比如在.Rprofile中添加：
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参考基因组下载和构建STAR索引（小鼠）0. STAR下载 下载2.6.1b版本的STAR wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.6.1b.tar.gz...
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第十一章 K-Means(K均值)算法模型实现（上）
最近打算把所有的数据挖掘领域的算法研究一遍并用python实现写成文章。本篇是对KMeans算法的上半段代码的实现的大概总结。下篇会尽快更新，共勉！ 聚类算法用于根据数据的特...
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三种方法构建系统发育树 学习笔记
所用数据为一个属内不同种不同群体的叶绿体基因组序列，数量为80条。 发现用全长序列建树的时候，不适合选用太多外类群，否则ML法中会导致属内分枝的枝长特别短。原因应该是基因间隔...
