动动发财的小手，点个赞吧！ 1. 基因集检测 转录因子或表观遗传标记可能作用于按共同生物学特征（共享生物学功能、RNAseq 实验中的共同调控等）分组的特定基因组。 ChIP...
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ChIP-seq 分析：基因集富集（11） -
跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图/堆积柱形图完整示例论文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
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ATAC-seq分析：差异分析（10）在下部分中，我们将研究如何使用 R/Bioconductor 识别开放区域中的变化。 在这里，我们将采用类似于 Diffbind 中的方法，并在 ATACseq 分析中合理建...
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重测序分析（17）GWAS分析实操（3）gwas_tassel_glmTASSEL利用固定效应线性模型来测试分离位点和表型之间的关联。该分析可以选择使用指示基础总体成员程度的协变量来考虑总群结构。仅主效应模型是使用输入数据中的所有变量自动构建的...
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WGCNA：选择某个模块绘制共表达网络前面的教程已经进行了WGCNA分析并将各个模块的网络图绘制文件导出，接下来将进行共表达网络的绘制，本次教程依旧根据PlantTech的Cytoscape课程[https://...
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Lasso + Cox 生存分析模式一、为什么需要用 Lasso + Cox 生存分析模式 一般我们在筛选影响患者预后的变量时，通常先进行单因素Cox分析筛选出关联的变量，然后构建多因素模型进一步确认变量与生存...
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最近7.7分SCI，单细胞分析+WGCNA+实验验证，有实验条件者可轻易模仿，肿瘤非肿瘤均适合！发表杂志：Biological Procedures Online 影响因子：7.71 生信分析咨询 请关注“生信小课堂”全网同名 研究背景： 结直肠癌(CRC)是全球癌症相...
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14分，最热复合物NLRP3炎症小体泛癌纯生信分析！ 想发高分纯生信不容错过
大家好，今天要和大家分享的是2021年7月online的一篇文章：“Pan-cancer analysis of NLRP3 inflammasome with potent...
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Cellrank：细胞分化轨迹的新秀说在前面 说到细胞分化轨迹的推断，想必很多小伙伴第一会想到的是monocle2这个软件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到细胞分化的动态过程。另一种高阶的算法是RNA速...
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感兴趣的参考bed文件怎么获取啊
用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap绘制基因组上一系列位置的信息，例如测序覆盖度等
以ChIPseq为例我们想要看某一个转录因子在所有TSS附近的信号的平均，看在一个TSS附近直接用igv打开就行，但当我们看所有TSS或者给定一个bed文件的时候，就需要借用...
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RNAvelocity系列教程2：使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速率此教程展示了使用 scVelo 分析存储在 Seurat 对象中的 RNA 速率值。如果您在工作中使用 scVelo，请引用下文： Generalizing RNA velo...
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MACS2 进行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 MACS2 是一款常用的peak calling软件，可以鉴定ChIP-...
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CHIP-Seq处理流程
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我试了0.05，calling peak之后也只有两个
ChIP-seq基础入门
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
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一开始只用RYBP和IgG来test代码，结果peak calling之后发现是0，原来作者也遇到了，我都之前都不知道是哪儿出错了😥
ChIP-seq基础入门
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单细胞细胞比例分析方法列举1.利用箱线图比较两类样本的某个细胞比例差异 比较直观，但是缺点在于如果单细胞样本个数过少且异质性大，导致很难有统计学显著意义 2.R o/e 比值 好多文章都有用这个，我的...
