发简信
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差异分析存在许多含零的行 ｜ Deseq2DESeq2分析差异基因/ASV时，如果全部基因/ASV都存在0，那么将会因为几何平均数全部为0，导致估算sizefactor失败而报错。 因为默认的计算sizefactor...
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科研术语扫盲：Contributed by全文共853字，预计阅读时间3分钟。 经常看PNAS且细心的同学可能会发现，在标题下方多为Edited by... 但有的时候却是Contributed by... 这有什么...
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基于qiime2的扩增子流程写在前面：扩增子在微生物组领域就像分子生物学里面的PCR一样常见、有用，像繁琐的PCR一样（虽然有说明书告诉你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量，但是每次都加也很繁琐），扩...
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后来者请注意，此代码已失效，大家需要自行修改
将qualimap结果统计成表格
qualimap用于将RNA比对数据进行QC，运行命令： 获得很多结果 从结果中提取统计数据，保存到Excel表中。首先获得文件路径，保存在file_name.txt文件中；...
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HISAT2 建立索引警告和比对时报错解决方案
tags： HISAT2 RNA-seq HISAT2 发表的文章中强调了它的速度很快，我就测试了一下这个工具。 HISAT2 建立索引： 然而没多久就看到这样的警告： 只是...
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审完两篇想要发表在顶刊上的文章后，能学到什么？全文约4800字，阅读预计时间12分钟。以下记录了我从刚开始准备审第一篇PC，到完成第二篇NC的审稿经历及观点，看完你大概能了解到审稿的全流程、如何审稿、review rep...
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【避坑】R报错 lazy-load database is corrupt文章很短，你扫一眼就看完了。 今天尝试复现词云图的时候，需要用到R包tm（Text Mining），死活装不上，无奈打算使出杀手锏——安装R包的二进制版本。 没想到在我lib...
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基于xargs命令的多行命令并行管理我在去年整理了一个关于多行命令并行管理的脚本[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3OTU5NTQxMA==&mid=2247491942&...
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[pliman] 点点点就能准确识别病状特征日常逛推的时候，一个新鲜的推文抓住了我的眼球 这是什么好东西！看样子可以在R中识别图片的不同区域。刚好最近在做叶部病害，让我们来看看该如何操作以及效果如何。 R4PDE 检索...
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批量运行多个R脚本并打印运行状态曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247515535&i...
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跟着NBT学做图：样本地理信息图今天我们来学习一下刘永鑫老师2019年发表在Nature Biotechnology上的文章NRT1.1B is associated with root microbiot...
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6.ggplot2——绘制地图6 地图 地图绘制是一项常见的可视化任务，需要用到专门的工具。主要解决两个方面的问题：使用一个数据源绘制地图，以及将另一个信息的数据添加到地图中。 6.1 矢量边界 使用ge...
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R | ggplot2拼图 —— patchwork在Y叔公号（biobabble）看到cowplot乃旧爱，patchwork是新欢[https://mp.weixin.qq.com/s/Y_uK2H7ketmFpJMvkN...
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在Windows和MacOS双系统下打开基于服务器的Rstudio果然，需求才是第一生产力。 最近需要在服务器上用Rstuido，奈何课题组的服务器尚未开通Rstudio server，经过曾老师和永和的指点，最终实现在Windows和Ma...
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只有四个数据，但图上出现五个点？数据为真实数据修改后的数据。 很早之前给师姐调试了一个适配她大批量实验的作图代码，最近她发现有些问题，部分组数据只有四个，但图中却出现了五个点！ 使用代码如下 这要是解决不了...
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binmap-123原网址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
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gget alphafold三行命令预测蛋白质三维结构近些天，AlphaFold在热度不减的基础上又火了一把，二话不说直接确定了约2亿个蛋白质的结构，范围覆盖地球上几乎所有已知生物[1]。 尽管AlphaFold2可以通过Doc...
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假如你能回到博后的第一天，你会给自己什么建议？在和通哥讨论“如果能回到当初，会给自己什么建议”的时候，他提到自己曾看过一个推特，也是类似的问题。每次和通哥聊天都很轻松愉快，又能学到不少东西。 最近他的第二公众号“通达生信...
