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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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docker | 生物信息实践中 docker 常用命令写在前面 前述介绍了如何在「Windows」下安装 WSL2+Docker。类似的操作，可以更为简单的在 MacOS 或者 Linux 下实现。一切目的，我们要的就是「使用 ...
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R语言: ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available for package ‘YYYY’PS：也适用于找不到包的情况，不仅仅是依赖...最近整合了团队的几部机器，做成了小集群，于是很多计算环境重新部署。这两天有个项目需要返工，发现之前流程代码无法正常运行。基于报...
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点点点，KEGG Pathway 通路富集分析写在前面 前段时间，推过两个教程，分别是：1.《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握》 ...
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随笔 | 做一个“有情怀”的人 - 关于软件开发和日常琐事
想来想去，倒是可以记录一下最近的一些事件和思考。 删了一行代码，功能加速 100 倍 写代码也有好几年了，尽管是业余工作，但多少还是有一些提升。肉眼可见的是，开发速度明显下降...
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2020-01-24 【转录组】四、 samtools 转换及排序命令格式: samtools view -Sb input.sam > output.bam # -S 输入格式为sam，-b 输出格式为bam 转换成bam格式...
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教程 | 可视化 多组 基因差异表达分析 结果写在前面 最近做了一些转录组数据分析。想想，上一次这么精细地分析转录组数据，都是三五年前的事情。整个实验设计是一个器官的不同发育阶段。按照最传统的做法，不同阶段，两两间进行差...
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学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。 那么问题来了，在...
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是结婚了么
随笔 | 我的近日二三事
过去的两三周，是华南农的毕业季，而对于我来说，发生的事情也有一些。下述以流水账的形式记录。 结束了一件事 过去一年左右，基本每个月都在处理老家的事情，时机差不多了，索性做了最...
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曾有瞬间，觉得自己心里有病
抑郁症：常见也不常见 今天读到一篇与名校学生抑郁症有关的文章，突然有很多感触。 世界卫生组织对抑郁症的定义是：一种常见精神疾患，患者心情郁闷，丧失兴趣或享受感，产生负罪感，或...
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转《什么是HTML标签？HTML标签有什么作用？》
一、HTML中的标签是什么？ HTML标签[http://www.w3cschool.cn/htmltags/html-reference.html] 是由一对尖括号包裹的单...
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TBtools | 多图合一至强版教程！进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。 写在前面 “Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的...
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插件 | Website Awesome 收录有趣的科研的常用的网站~写在前面 今天是周二，吃完午饭回到电脑前，想着看个动漫休闲一下。But，我还是忘了网址到底是啥？对于一个没有做网页收藏夹的人来说，确实是麻烦。类似的场景常常发生在： 下载文献...
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贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3写在前面 目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件...
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过去说complexheatmap太复杂，是我太菜了写在前面 之前曾抱怨过complexheatmap太复杂了，现在我想说是我太菜了。折腾了一圈complexheatmap后，发现complexheatmap真的是极致全面的一...
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Pannzer2 | 推荐一款强大的Gene Ontology注释网站很多时候，我们一直想做到出色，做到出彩，但是比我们优秀的人，却在相同的方向上，做了十年，出彩了十年，而且他们没有停下脚步~~ 写在前面 Emmm，GO注释常常是一个有点争议的...
