环境：R 4.2.2，Rstudio 2022.07.2，win111、gcta计算G矩阵gcta64 --bfile 20221115-393id --make-grm -...
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R绘制G矩阵聚类图（环形、横向、纵向）
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LD单倍型块图的绘制大家好，今天给大家分享一个软件(LDBlockShow)用来绘制LD单倍型块图。在文献中我们经常看到两类图会用到连锁不平衡，一类是LD衰减图，另一类就是LD单倍型块图。需要画...
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RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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vcf文件与vcftools（二）
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集，功能涵盖了过滤，数据格式转换，一些指标的统计计算，vcf文件之间变异信息的差异比较等等。 1.基本用法 2.使用 官网提...
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RNA-seq完整分析过程linux基本命令 第六章 Linux文件与目录管理 极客学院服务器 高通量相关基础知识 生信一百讲 1、 Anaconda Anaconda是一个Python下和Canop...
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重测序数据（简化基因组和非简化基因组）的Clean data 到snp-indel的vcf步骤
最近有多个朋友问我关于二代重测序数据的分析问题（clean data 到vcf），我写了一个完整的步骤如下，若你是多个样品进行分析，最好是写 循环语句，这里我仅举一个例子“s...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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测序数据比对和变异检测全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。所以首先我们需要某个物种的全基因组序列和该物种的某个个体的基因组序列。...
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测序数据比对到参考基因组基因课FTP地址：ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%...
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GATK - Read groups
运行GATK时，报错：java.lang.IllegalArgumentException: samples cannot be empty这个问题在GATK Forum有...
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R笔记之ggplot2画图ggplot2绘图理念 图形系统的核心理念是把绘图与数据分离，把数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，按图层作图。ggplot2可以把绘图拆分成多个图层，且能够按照顺序创建多重...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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WGS分析笔记（1）—— 原始数据以及质控更新于2020.10.27 二代测序方式分为三种：single read 单端测序paired-end read 双端测序mate-pair read 配对测序 虽然有三种方...
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Genome-wide Complex Trait Analysis（GCTA）GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例。(官网：http://cnsgenomics.com/sof...
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群体进化-GWAS分析
群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一种使用最广泛的数据...
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BOX-COX 变换
Author: 杜七 一、为什么要做正态变换 统计分析中，基础数据的分布可能比较特别，不符合所谓的“正态分布”。日常的数据都是什么样子，离正态分布差距有多少，看看Dealin...
