2024年2月，来自Shyam Prabhakar 和Kok Hao Chen研究团队的Vipul Singhal、Nigel Chou和Joseph Lee等人在Natur...
IP属地：河北
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空转分析之生态位聚类算法Banksy
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服务器Jupyter
方法一：在一个环境中安装 JupyterLab，添加多个内核 全局环境安装jupyterlab 每个环境中安装内核 启动jupyterlab 方法二：在每个新环境中安装 Ju...
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R包 clusterProfiler 比较不同dataset富集结果生物信息分析中，接触最多的莫过于基因富集分析，故在此基础上目前已经开发了很多种富集分析工具，如网页版的DAVID、KOBAS、GOEAST，WebGestalt[http:/...
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【R>>ggh4x】ggplot2分面hacksggh4x是ggplot2的扩展包，其火星文发音为G-G-hacks。主要功能包括调整分面大小(adjusting the sizes of facets)，mapping ...
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[R package] magick
to install R package "magick" , a dependency of R package "Giotto" check OSto be "CentO...
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Ubuntu16.04安装R包magick出现的问题
太长不看版 magick的安装需要底层的imagemagick支持 Ubuntu16.04由于版本老旧，安装的旧版imagemagick无法使用 使用spack自己安装新版，...
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SCpubr包：让你的单细胞测序分析图表更加高级好看，代码实操分享该R包由国外友人Enblacar完成，目前处于预印本阶段，旨在提供一种简化的方式，为已知的单细胞可视化生成可发布的图形。与“审美愉悦”一词一样主观，这是一组跨不同情节类型实施...
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使用Nebulosa可视化scRNAseq,Featureplot的补充Overview 由于在单细胞数据（如RNA-seq、ATAC-seq）中观察到的稀疏性，细胞特征（如基因、峰）的可视化经常受到影响和不清楚，特别是当它与聚类重叠以注释细胞类...
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单细胞3端和5端测序的区别单细胞5端测序就是再在每一个单独的GEM里，除了 Gel Bead表面携带的Barcode和UMI所在的核酸序列，还有游离的poly-dT作为引物来结合RNA 3'端 pol...
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是这个错误，但是RCpp版本解决不了😭
Debug log - R - RunHarmony()
起因 运行以下RunHarmony()时报错，可是代码以前能跑的，唯一的不同就是换了服务器 报错内容 处理过程 方案一 ❎：重装 该问题比较新，根据Github解决方案 [1...
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Debug log - R - RunHarmony()
起因 运行以下RunHarmony()时报错，可是代码以前能跑的，唯一的不同就是换了服务器 报错内容 处理过程 方案一 ❎：重装 该问题比较新，根据Github解决方案 [1...
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R语言杂谈（六）---处理矩阵及因子
ma <- matrix(c(1:4, 6, 9:15), nrow = 3) ###建立矩阵 ma # 给他一个名字 colnames(ma) <- c("A","B","...
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scRNA-seq稀疏矩阵图解，格式转换的核心前言 为什么单细胞数据要使用稀疏性矩阵？用一个实例来说明稀疏矩阵的效率用多好，且看下面的代码： 上面mat和smat分别是普通矩阵和稀疏矩阵dgCMatrix，都是1...
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Mac下su命令报错su:Sorry的解决办法
在mac上用su登录root，输入密码，报错：su:sorry,怀疑自己密码输入错误 切换命令：sudo su - 输入密码就可以了 进入的是root权限
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【10X空间转录组Visium】（七）思考新版Seurat V3.2作者在Github给予的回答旧号无故被封，小号再发一次 更多空间转录组文章： 1. 新版10X Visium 【10X空间转录组Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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已解决：Error in eval(call("@", object, slot)) :
在学习seurat教程(Mapping and annotating query datasets)时报错 解决办法 成功
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SpatialDB:空间转录组数据库SpatialDB:a database for spatially resolved transcriptomes, Nucleic Acids Research,gkz9...