mkdir trim ; for i in *.R1.fastq.gz ; do i=${i%.R1.fastq.gz*} ; cutadapt -j 20 --trim-n...
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2023-06-30 qxz ribo mouse
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2023-02-09 ubuntu18.04升级R 亲测可用
sudo su echo "deb http://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/" >> /et...
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刚好用到 感谢分享！
R数据可视化22:怎么获取CNS级颜色搭配
虽然对于大部分的实验数据而言，可能往往只涉及到几组，即需要集几种颜色，然而在组学分析中则常常可能会需要数十种甚至更多的颜色来表示不同的物质。那么如何在R中选择好看的颜色呢？ ...
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MEGA 新版 MEGAX 蛋白质序列进化树构建软件下载：https://www.megasoftware.net/ 1、数据输入 2、进化树构建 这就画出来了 调整成圆形 有点多哈 此外这次分析的蛋白质序列，大概这个样子
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RNAseq一般是60%—80%
hisat2+featurecounts+DESeq2
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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@hzrdnn 没有用过monocle，你可以看看他的官方文档
hisat2+featurecounts+DESeq2
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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取rawcounts列，deseq2只需要这一列输入即可
hisat2+featurecounts+DESeq2
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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2019-08-28 R作韦恩图
library(reshape) library(eulerr) MIIZygoteup <- read.table("upgene.txt") MIIRIP<-read.t...
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2019-08-26 biomaRt 进行基因转换
library("biomaRt") human = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") mouse ...
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2019-08-14 biomaRt 转换
library("biomaRt") human = useMart("ensembl", dataset ="hsapiens_gene_ensembl") mouse =...
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@dashingling 不好意思，看到的比较晚，拆分的方法是 fastq-dump --split-3 SRR44933$x.sra 如果拆分后只有一个fastq文件，说明原始数据就是单端测序哦～
10xgenomics做scRNA-seq
PATH=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/cellranger-2.2.0:$PATH ##fastq文件名字要改为SRR623...
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2019-07-05 macs14 bdg to bw
samtools merge -@ 45 final.bam 1in.bam 2in.final.bam macs14 -t 2cell-rep1.bam -g hs -n ...
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2019-07-03 ATAC-seq根据RPKM作peaks heatmap
bedtools intersect -a ../../bam2bwfile/male_per_bin_rawcounts.tab -b ../allmale_ltr.bed...
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2019-06-20 grep统计文件中字符出现的字数
grep -o jjc 1.txt | wc -l https://blog.51cto.com/u_12810168/2293840