1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后，首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量评估的软件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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用verkko组装基因组
背景介绍 verkko是一个最新的可以应用于二倍体基因组T2T（telomere-to-telomere）级别的基因组组装的组装软件。 2022年9月14号李恒在主题为Pac...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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gvcf文件与vcf文件一、解释一 这里注意HaplotypeCaller只能处理单样本文件，当有多样本时，官方建议使用HaplotypeCaller对单bam文件分别进行变异检测，生成GVCF文件...
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Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,转录本,可变剪切,密码子,启动子,顺式作用元件,转录起始位点,终止子,转录因子,结构基因转自: https://www.jianshu.com/p/379affdebabe[https://www.jianshu.com/p/379affdebabe] 一.核酸...
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「生信」共线性分析——MCScanX目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka & Ks 计算下游画图脚本最后 MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性(collin...
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任何人！一键完成物种间的共线性分析与可视化写在前面 类似的主题，我们已经推出了一篇主题为《一键完成共线性（MCScanX）分析》的文章。推出之后一部分人用着挺好。也有相当部分朋友却不知为何遇到各种各样的问题。这些问题...
