2020-7-22 在上一篇中遇到了这个指标，最近很火，拿来详细写一下~ 1.HRD检测 1）BRCA1/2突变检测：只检测BRCA1/2基因会存在HRD漏检的问题（漏检约3...
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同源重组缺陷评分（HRD）
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【Docker】快速入门之Docker基本概念、Dockerfile构建、repository镜像共享、volume挂载、容器通信network、docker-compose、layer cac...docker是方便项目环境部署的虚拟化技术，每个docker容器有自己的文件系统和网络接口。本文将参考官网文档[https://docs.docker.com/get-sta...
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transvar变异坐标转换 - Linux篇坐标转换困境 一些公开发表的论文中及很多数据库中经常提到变异，一般变异的表现形式有三种：1）基因组坐标：2）cDNA 坐标；3）蛋白氨基酸坐标。举个例子TP53上的某个变异的...
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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10xGenomics单细胞转录组--细胞核mRNA分析需求 由于某些特定的环境，可能老师能够得到完整的细胞核，得不到完整的细胞，但是又想研究其细胞的单细胞转录组，就只能用细胞核进行10xGenomics单细胞转录组分析；或者...
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单细胞交响乐1-理解scRNA常用的数据结构SingleCellExperiment刘小泽写于19.10.26-27，更新于2020-06-23，最近会继续整理这本资料为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合分析单细胞数据，...
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Anaconda安装R语言1.直接按照R未遂 一直以来想在服务器上安装R，可惜没有root权限，一直没有安装成功，期间我尝试过多种方法进行按照，比如独钓寒江的博客（http://blog.sina.c...
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Kraken的原理浅析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物组分析中最常用的软件，与其他同功能的软件相比，在速度快的前提下，准确性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
