前言 1.1948 年，香农提出了“信息熵”(shāng)； 2.信息量的度量就等于不确定性的多少。即：要搞懂一个非常非常不确定（gaoleng）的女孩（或是说我们一无所知的...
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如何使用R计算香农熵？ -
贝叶斯共定位软件coloc前言 这篇文章的书写，是受启发于《post-GWAS：使用coloc进行共定位分析(Colocalization)》，目的是想了解一下软件coloc是如何巧妙的运用贝叶斯方法...
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R包MetaboAnalystR安装指南（Linux环境非root）前言 这是代谢组学数据分析的一个R包，包括用于代谢组学数据分析、可视化和功能注释等众多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程，安装这个包出现了问题，于是我折腾了一上午。 ...
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scRNA-Seq | Seurat 安装和输入数据类型
一、安装及载入 1.直接安装 BiocManager 安装 devtools 安装 conda 安装如果上述步骤尝试不可行，请尝试下面方法用 conda 安装 R 及 Seu...
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黄金简史：从最初到最后导读 今年一季度金价飙升超过13%，全球最大的黄金ETF SPDR Gold持金量在二季度增加了211.9吨，增幅接近22%，这反映出投资者对黄金的高需求。 黄金，折射出人世...
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中文文本标注工具调研以及BRAT安装使用背景：最近的工作需要对文本先进行标注，然后才可以做接下来的文本分类工作。其中主要内容是对一段文本打标签，标记该文本描述了一个我们预定义的种类标签。 原来文本数量少的时候可以手...
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单体型图谱简介（1）单体型概念及起源 单体型的概念 一个染色体区域中所有相关联的SNP等位基因的集合或位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点被称为一个单体(haplotype)。 如：...
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如何将Bert句向量应用于深度神经网络中
Bert开源了预训练的中文模型,如果你想直接使用Bert模型生成句子向量(当做一个黑盒),并用于深度学习模型中,本文将给出一个作者亲自实践的实例.本文内容只针对于实践,并不会...
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命名实体识别不只有BiLSTM+CRF
最近做命名实体识别（NER）的任务比较多，也刚刚接触NER不久，做一下小小的总结。近两年中文命名实体识别在信息抽取和关系抽取上的应用受到了研究人员的广泛关注，很多比赛也以NE...
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跟着代码理解BERT中的优化器AdamW（AdamWeightDecayOptimizer）引言 最近依旧在做命名实体识别的任务，一直在想如何能在保证效率的前提下，提升BERT+BiLSTM+CRF这个主流模型的准确率。“ 达观杯 ”的获奖方案中有的队伍使用了Loo...
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10x Genomics PBMC（一）：单细胞测序分析 (Chromium)概述
最近有人问起单细胞测序分析的问题，我确实没有做过，就先来学习一下吧。先在搜狗微信找到一些介绍引用一下： 单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史—-谁说的！ 说她漫长是因为...
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R语言进行GSEA分析先加载R包 第一步：差异分析 首先是用limma包做差异分析的过程 这里由于做的时候是FPKM数据，所以参考了生信技能树的教程： 第二步：获取基因集 MSigDB可以方便地获...
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生信软件安装神器 Mamba [conda加速器~]简介[#toc_0] Mamba是在c++中对conda的重新实现,可以认为是更高级的conda。有以下特点使用多线程并行下载数据和package，实现更高效的安装libso...
个人介绍
“Every day I remind myself that my inner and outer life are based on the labors of other men, living and dead, and that I must exert myself in order to give in the same measure as I have received and am still receiving.”Quote by Albert Einstein.