生信碱移 scMLnet 使用笔记 本文将介绍如何使用 scMLnet 从单细胞 RNA 测序数据推断细胞通讯中的调控网络 中山大学 孙小强 教授团队于2020年开发了一种 ...
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scMLnet 包：使用单细胞测序数据推断细胞通讯中的“配体-受体-TF-mRNA”调控网络（单细胞多层网络） -
linux命令汇总（先复习一下吧） 命令格式 快捷键 Ctrl + C：终止任务Ctrl + Z：暂停任务（将一个正在前台执行的命令放到后台，并处于暂停状态）Ctrl + L：清屏Ctrl +...
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软件1 —— conda
一、 基本介绍 Conda是一个开源的包管理系统和环境管理系统，可在Windows、macOS和Linux上运行。 Conda可快速安装、运行和更新包及其依赖项，可以轻松地...
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软件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一、 基本介绍 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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@43afbd6799d8 我也是 小心
R语言-解决problem copying rlang.dll: Permission denied的问题
错误场景 在下载某些包 的时候，遇到了Permission denied的问题错误如下：In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TR...
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We'll do whatever just to stay alive.
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Seurat单细胞分析常见代码-021.R程序并行运算和调整R内部允许的对象大小的限制 默认是500 * 1024 ^ 2 = 500 Mb future在seurat的具体应用详见：https://satij...
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10X单细胞免疫图谱分析汇总作者，Evil Genius~~ 新的一周，天气变冷了，大家努力科研工作的同时，注意保暖，毕竟身体是革命的本钱。 相比较单细胞转录组，ATAC和VDJ的文章相对较少，当然了，...
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R 函数笔记 | grep()函数与R语言中的正则表达式
grep()能对向量中特定条件的元素进行查询，默认return为index。grep()语法与grep()大致相似，但默认return为logical。 grep() 代码如...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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Seurat重要命令汇总
参考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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