基于 Susan R. McCouch 同期的两篇文献学习一下单基因的进化分析，一篇是发表在 PNAS 上关于水稻香味基因 BADH2 的分析，另一篇是发表在 Genetic...
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跟 Susan R. McCouch 学习单基因的进化分析 -
基于 GetOrganelle 组装叶绿体基因组
GetOrganelle是一款由中国科学院昆明植物研究所的金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，主要用于从基因组测序数据中组装完整的细胞器基因组，尤其擅长组装植物质体...
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samtools 一些使用命令
对 SAM 或 BAM 格式的文件进行快速的统计分析： samtools flagstat xx.bam 示例： 415088184 + 0 in total (QC-pas...
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LTR finder 和 LTR_retriever 使用说明
LTRfinder是一个用于识别和分析基因组中长末端重复序列（Long Terminal Repeat, LTR）的工具。LTR是一种在许多真核生物的基因组中普遍存在的转座子...
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ABBA-BABA 检验
ABBA-BABA检验是一种用于识别基因流的方法，它基于四群体模型，其中包括两个与第三个群体（P3）密切相关的群体（P1和P2），以及一个外群（O）。 在ABBA-BABA检...
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awk 从一串字符中提取特定部分
Parent=Os01t0115700-00 从这个字符中提取 Os01t0115700 echo "Parent=Os01t0115700-00" | awk...
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基于 RepeatModeler 预测基因组的重复序列重复序列在基因组中广泛存在，包括转座子、简单重复序列和低复杂度区域等。这些重复序列对于基因组结构、功能和进化具有重要影响。RepeatModeler 通过分析输入的基因组序列...
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转座子元件注释 RepeatMasker 安装
RepeatMasker是一个用于识别和屏蔽（mask）基因组中重复序列的软件工具。重复序列在基因组中占据了很大的比例，并且对基因组的结构和功能具有重要的影响。RepeatM...
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结构变异检测软件 SYRI 的使用目前检测结构变异的方法众多，长 reads 序列的比对有 NGMLR、Minimap2、Nucmer 等；基于序列比对结构检测结构变异的软件有 SVIM、Sniffles、S...
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群体遗传结构分析（admixture、PCA、NJ_tree）
首先，对 vcf 文件的格式进行转换，转换为 plink 格式： vcftools --gzvcf test.vcf.gz --plink --out test_out...
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Inparanoid 寻找物种间直系同源基因
InParanoid 是一个用于寻找直系同源基因（Orthologs）的计算机程序，其目标是发现不同物种之间具有相似功能的基因。 软件下载安装： git clone http...
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R语言 ggplot2 柱形图添加误差条和差异显著性标识绘制分组柱状图；柱状图上添加误差线；组内柱子之间添加显著性差异表示（字母表示）。 大概思路是首先绘制分组柱形图，然后利用geom_errorbar 和 geom_text 直...
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OrthoFinder 检测同源基因OrthoFinder是一种用于鉴定和比较生物学物种之间的同源基因组学的工具。同源基因是在不同物种之间由共同祖先继承的基因。OrthoFinder旨在帮助研究人员理解基因组学...
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@双螺旋丸 原理并不复杂，我是通过自己写脚本来合并的
SV 合并软件 SURVIVOR
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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基于 TRF 软件预测序列中的 TE 元件
TRF（Tandem Repeats Finder）是一款用于检测 DNA 序列中串联重复序列（Tandem Repeats）的软件工具，基于重复序列特征的 de novo ...
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@57a089d2a623 你可以尝试一下，取消 g <- cbind (as.numeric(g==1), as.numeric(g==2), as.numeric(g==3)) 这一步骤的指定，直接 cim(cross, pheno.col=2, method="hk", n.perm=1000) 确定阈值，而后 cim(cross, pheno.col=3, n.marcovar=3, window=10, method="hk", map.function="kosambi") 计算。至于这个报错，可能是出现了完全多重共线性的变量，模型不成立。
互帮互助问答帖
虽然没有几个关注，但能看到这些笔记的应该都是同志们 有时候朋友的私信我可能看不到，我也不一定能解决。 群体遗传学方面、生信方面、R语言等等，如果大家有什么问题，可以在这边留言...
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@57a089d2a623 你好，知乎上的这部分代码是举例阐述 CIM 模型的原理，在实际运算过程中，给定协变量数目后，cim 函数可以自动选择适当的协变量进行运算
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