小明的数据分析笔记本

写在前面 一年前，我看到课题组其他成员在整一个“进化保守区块”挖掘的工作。说实话，觉得....挺麻烦。于是我写了一个工具，具体见推文《进化保守的基因区块-可视化挖掘》。 这个...

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1 站在审稿人的角度考虑问题 1.1审稿人很忙审稿人多是已毕业博士，在高校或研究生工作，通常比较忙。 1.2审稿工作一般都是免费的。为什么审稿人愿意免费审稿？（1）通过审稿可...

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01 什么是全基因组复制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/复制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因组内的所有序列都发生重复，...

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在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...

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写在前面 目前还是在继续整一些擦边“比较基因组”的工具。前段时间停下来，原因只有一个：我发现 TBtools 的Simple Ka/Ks Calculator 速度确实不够快...

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一、什么是单倍型？ 在单倍型分析前，首先需要明白什么是单倍型、什么是基因单倍型？ 一般来讲，所谓的单倍型是指同一染色体上不同变异位点的各种线性组合形式。那么基因单倍型自然就是...

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已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...

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https://github.com/mdozmorov[https://github.com/mdozmorov] _notes结尾的仓库名基本都是相关领域的学习资料

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什么是三元相图 三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。在群体遗传学中，它被称做Fin...