第一版本:修改名字文件,不对序列处理比如序列名字如下,仅仅需要物种名字 利用python脚本加正则表达处理;思路:正则匹配 “[” “]”这俩符号,然后为列表,读取列表的-1...
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近期在使用exonerate进行蛋白比对基因,对其结果log文件未找到方便提取的脚本,自己写了一个,python脚本(未进行优化,欢迎优化回复!) 使用:python 脚本...
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最近要处理一些基因注释的文件,要用到bedtools这款经典的软件,在慢慢接触到这款软件才发现其功能的强大之处,在接下来的几个星期内将会大家一起入门并且学习掌握使用bedto...
snakemake是一个用来编写任务流程的工具,用python编写的,因此其执行的流程脚本也比较通俗易懂,易于理解。 一、从一个简单的例子开始 1、安装snakemake 安...
当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham...