@52b7d2b6d42c 理论上是，但是如果你用像cutadapt或者trimmomatic之类的 一般的QC软件，应该都会根据input的引物清除好的
qiime2踩雷手记前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因为一直很诟病qiime2里封闭的系统。但最近还是因为某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
发简信
IP属地：西藏
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@52b7d2b6d42c 分情况吧，一定程度上会的，毕竟多了一段 序列，而且序列还有一定的分组特征
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因为一直很诟病qiime2里封闭的系统。但最近还是因为某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
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@061e8e35ace0 说明可信度比较低，类似于pvalue大于0.05吧
进化树上的N种数值
序言 大晚上的不知道干些啥好，想起了之前积累的一个小小的问题。这里搜一下资料，快速的整理出一小篇文章好了~ 内容大概就是 N种phylogenetic tree上不同的数字 ...
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@易拉罐000 如果当成一个sample(也就是不demultiplex的话)，可以不加那一列，import data时使用type SampleData[SequencesWithQuality]或者pair end对应的那个
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因为一直很诟病qiime2里封闭的系统。但最近还是因为某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
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Fastq-dump: 一个神奇的软件现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤...
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@52d4c2724e0b 不一定，可能已经去除了。不去除的话可能会影响后续的分析，最好还是去除
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因为一直很诟病qiime2里封闭的系统。但最近还是因为某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
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那你得找原作者要metadata？barcode是用来分库(demultiplex)的，如果数据本身已经分好了就不用管了吧，但是没分好你得找原作者要。一般好像没看到有会把barcode直接放NCBI的，或者看文章的supplement有没有
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因为一直很诟病qiime2里封闭的系统。但最近还是因为某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
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好像没有什么特别好的方法，最简单的就是import一下试试，但是要注意sample name之类的识别的对不对
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因为一直很诟病qiime2里封闭的系统。但最近还是因为某些需求需要里里外外的看一堆qiime2...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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mcmctree估算物种分歧时间推断物种系统发育关系以及分歧时间对探讨物种起源与演化具有重要意义。通过最大似然法（ML）构建物种进化树以及估算物种分化时间在比较基因组学的研究进展中已经成为了必不可少的“套路...
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@upsidedown_a103 一般都是每个样本的每个基因pairwise的求呀，你算ka/ks需要一个reference的，一般是两两比对，互相作为reference
用以判断选择压力的Ka/Ks的计算
前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
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@b0bdbb9dd9b3 不知道你用的是什么算的，但是我觉得很可能是有些不认的碱基/AA之类的，例如兼并碱基之类的？总而言之，我觉得软件出问题了。。
用以判断选择压力的Ka/Ks的计算
前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
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是的，这个例子我参考的是别人。。我改改，谢谢~
用以判断选择压力的Ka/Ks的计算
前言 最近在看一些关于生态、遗传、基因组进化等的文献，其中有个很多人用的也用了很久的用以判断物种选择压力的数值，（Ka/Ks）。发现在国内的资料中比较少，即使有，也只是教大家...
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感谢回复。。。其实有几个地方也写错了，你可以重新看看。具体地说的话，就是写啥都行，它只是一个组的定义，这里有且仅有一个组，所以你传一个['a']都行
plotly绘图说明
序 （可以不看的废话） 从上篇博客开始就一直在忙，忙了好几个月的文章以后，最近终于是在一个deadline之前把文章投了出去，所以也就可以重新回归写博客的日子了。在新年之...
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@茶苯海 plotly的局限性也不少，看自己需求选择不同的包来使用吧
plotly 4.0自来水公司通告（可视化python模块推荐）
序言 虽然上次写了一个plotly绘图说明的一篇文章，向大家介绍了一下plotly这个很好用的python的画交互式图/网页的库，但时代毕竟在变化，最近在我再次上plotly...
个人介绍
常居中国南方的 化学生物狗一只，现在溜去CUHK读博去了，从事生物信息的工作。常用语言 python、R、javascript，熟练使用python的工程师一枚。