Step1：链特异性比对并组装转录本 用HISAT2对每个样本进行链特异性比对，随后利用StringTie对每个样本的转录本进行单独组装 Step2：过滤lncRNA 将所有...
发简信
IP属地：宁夏
-
## lncRNA分析完全指北
-
六、GEO差异基因功能注释之KEGG和GO一、ENTREZID转换 进行功能注释，首先需要对差异基因deg数据集进行ENTREZID转换 二、输入数据准备 接下来拿出up基因和down基因的ENTREZID，组成di...
-
生信小白教程之Count转TPM，FPKM相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。 然而，然而，，我们得...
-
转录组分析5——差异表达分析差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图等• 差异表达分析及可视化➢ limma-voom，edge...
-
R语言学习笔记之热图绘制TaoYan 简介 本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatma...
-
基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler仅针对人类而言。虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。主要包括两部分： 将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编号来自ANNOVAR的注释结果...
-
R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
一、读取文件，ID转换 1.读取文件 2.ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler） ID转换用到的是bitr()函数，bi...
-
【R语言学习】安装org.Hs.eg.db包及更新R版本
使用install.packages("org.Hs.eg.db") 后 ,显示： 解决方案： 1.安装Bioconductor： 2.使用Bioconductor安装org...
-
转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图
当富集分析完成，拿到如下的分析结果后，就可以进行作图了。 富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认出图实在是太丑，所以还是自己动手修改修改。 一、常规柱状图（...
-
手把手教你做GO功能富集可视化图最近有同学私聊我能不能出一期GO功能富作图并且提出要求 要非常简单 小白一看就会的那种 那么如何对这些基因进行功能富集呢？应要求必须为简单的~ 那就用在线工具富集 这里...
-
14.GO富集分析R语言代码及5种图的绘制一、举例回顾 本节使用GSE1009数据集，已经用limma包对数据集中的样本进行差异分析，现对差异基因(DEGs)做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6...
-
【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化小编前面也用了好几期的内容来给大家分享如何零代码做GO和KEGG富集分析，主要用到的是DAVID这个网页工具，并且零代码展示GO和KEGG富集分析的结果，主要用到的是Exce...
-
DAVID数据库简介及使用说明很高兴今天给大家介绍DAVID数据库，因为DAVID不仅是个生物数据库，也是一款在线分析软件。可以用来做基因的差异分析，也可用于通路的富集。他可以将输入列表中的基因，关联到生...
-
Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的长度不对作为生信菜鸟，某天运行代码，出现如下错误： 运行如图代码出现错误。明明跟着老师来，为啥会出错呢？百度： 有个解答如下：R语言&Python GEO DataSets多个Ser...
-
转录组分析之DESeq2包参考教程：https://4va.github.io/biodatasci/r-rnaseq-airway.html#data_needed 数据来源 Himes et al...
-
R 数据可视化 —— 韦恩图前言 对于数据集之间交叠关系的可视化，通常想到的是绘制韦恩图。 韦恩图是一种关系型图表，通过图形之间的重叠来反映数据集之间的相交关系。 下面，我们来简单介绍一下如何绘制韦恩图...
