刘小泽写于2020.2.6最近再一次做起了转录组，但这一次需求有点小改变，需要自己定制一下，具体原因看本文吧。其中要特别表扬花花💏同学，帮了个大忙！ 问题由来 我们一般进行富...
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一个看似简单的需求——修改富集分析的dotplot图 -
单细胞转录组学习笔记-12-RPKM概念及计算方法刘小泽写于19.7.9+12-第二单元第十讲：RPKM概念及计算方法笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http:...
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ensembl_id转换之两种方法比较
一个基因在不同的数据库有不同的名字：1.Entrez gene ID：我们一般说的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串数字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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技能帖 | 基因ID和基因名如何快速互换，三分钟即可做到
在我们进行组学数据分析或者看别人给我们的数据报告的时候，经常会看到诸如ENSG00000141738 之类的名称，面对这样的名称，我们往往是得不到任何信息的，更不可能把这样的...
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请问解决了吗
13.GEO数据集的R语言差异分析和代码解析--2.差异分析
一、举例回顾 本节下载GSE1009数据集，使用limma包进行差异分析举例。 GSE1009 样本量：共6个样本，其中后3个为糖尿病肾病(DN)肾小球样本，前3个为正常肾小...
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Stringtie的使用说明
参考文献：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads帮助文...
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trim_galore 报错以及解决今天在跑smart-seq2数据的上游，突然发现有一个trim_galore处理过的文件命名不太一样，其他文件命名都类似‘SRR19781608_2_val_2.fq.gz’...
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生信云服务器跑hisat2报错以及解决
用conda安装hisat2后一直出现如下报错 我首先读取了对应报错文件的内容 发现该文件内确实缺少了'GLIBCXX 3.4.26'和'GLIBCXX 3.4.29' 内容...
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单细胞分析——如何确定合适的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时，非常重要的一步就是聚类分群，而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率（re...
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单细胞 | Seurat文件生成最近想使用文献中的数据集，发现每篇文献提供的数据格式都不太一样，创建seurat对象会遇到一些问题。以标准的输入文件为例，命名为barcodes.tsv.gz、feature...
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科研小白学习笔记：从GitHub安装R包报错-1
最近从GitHub安装R包时经常会报错： 在网上查找后发现好像是从GitHub安装R包经常会出现的问题，与代码无关。并且很多时候过一段时间再安装，报错就会消失。但尽管如此，还...
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科研小白学习笔记：.bashrc文件损坏，linux 无法激活环境因为每次运行cellranger都要重新执行： export PATH=/home/data/｛用户名｝/sys_soft/cellranger/cellranger-7.1...
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FastQC数据质控报告的详细解读
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 测序平台编号，现在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33编码 Total sequ...
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单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
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科研小白学习笔记：conda虚拟环境下安装上游分析需要的包
我使用的安装代码是 nohup conda install -y sra-tools subread hisat2 multiqc trim-galore & 第一次安装失败...
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科研小白学习笔记：通过linux服务器下载sra文件
通过linux服务器终端下载转录组测序文件的方式有很多，不同数据库可能需要执行不同的下载代码，我在这简单梳理一下。（因为刚接触linux系统，肯定会存在纰漏，敬请指正！）...
