敏感性与特异性敏感性和特异性虽然与查准率和查全率相似，但并不相同。其定义如下：在癌症示例中，敏感性和特异性指： 敏感性：在患有癌症的所有人中，诊断正确的人有多少？ 特异性：在...
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敏感性和特异性（sensitivity and specificity） -
RPKM、FPKM、TPM详解
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
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34统计基础- 分位数标准化(Quantile Normalization)假设我们有一些来自微阵列实验的数据 如果你不熟悉微阵列，这里有解释: 微阵列测量样本中基因的活性。 他们通过测量不同颜色的光的强度来做到这一点。 如果你在一个实验中有一个更好...
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用Seurat做RNA Velocity安装加载相应的包 If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with ...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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TCGA+biomarker——风险因子关联图
简介：风险因子关联图常见于cox风险比例模型，常见于下图这种三图联合的展示形式，展示的是由cox风险模型区分出的高风险和低风险人群在人群比例、生存时间（生/死）和关注的基因表...
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StatQuest学习笔记24——RPKM FPKM TPM
前言——主要内容 这篇笔记是StatQuest系列笔记的第63节，这篇笔记跳过59节，60节，61节主要是因为第63节的内容是讲RPKM，FPKM和TPM这几个概念的区别，在...
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单细胞之轨迹分析-7：Seurat+scVelo轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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10X单细胞（10X空间转录组）TCR转录组联合数据分析之(8)neighbor graph analysis（CoNGA）今天我们来分享10X单细胞和TCR联合分析的代码部分，之前的基础知识，大家要掌握，代码已经是最后一步了。当然，前面自己进行安装，示例数据在https://www.dropbo...
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Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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将R环境下的Seurat RDS格式数据转化成为到python环境下scanpy的anndata格式
无论是单细胞、空间组还是ATAC的数据，有时由于下游分析的需求或可视化的需求，同时由于python的运算速度的优势，目前越来越多单细胞分析的工具开始在python环境下开发（...
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10X单细胞（10X空间转录组）TCR数据分析之TCR 内在调控潜力系统（TiRP）hello，大家好，随着我们分析的深入，单细胞TCR和BCR的分析也要大量进入我们的视野了，之前也分享了一些有关TCR的文章，以后我们慢慢丰富这块的内容。关于TCR（BCR）...
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10X单细胞（10X空间转录组）BCR（TCR）数据分析之(11)dandelion好了，我们今天要继续这个专题的分享，内容很多，好好深入学习的话，估计需要一辈子😄。 第一点，TCR（BCR的聚类方式）Clustering by V-gene, J-gene...
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三大经典在线生存分析工具测评导读 在肿瘤相关研究中，一张精美的生存分析图，已经成了肿瘤研究高分文章的标配。好的临床预后效果，往往在一定程度上决定了文章发表的层次。然而对刚刚拿到一个新基因的新手来说，生存...
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DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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GSEA 从数据到美图0.输入文件和R包 文件有两个，一个是差异分析结果；一个是msigdb数据库下载的gmt文件。 gsea要求的输入数据格式是排序后的logFC值，数据类型为向量，向量名字是e...
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10X单细胞空间联合分析揭示了前列腺肿瘤微环境的异质性hello，周四了，这是第399篇文章，不知不觉中，已经写了很多了，但是前进的脚步是不能停止的，感觉自己要进入下一个阶段了，因为不能仅仅局限于分享别人的内容，要提升自己，就需...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之NMF（非负矩阵分解）
今天我们来学习一个简单的数学内容，NMF NMF算法简介 NMF是什么？ 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)本质上说...
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enrichplot||基因富集结果可视化解决方案enrichplot包实现了几种可视化方法来帮助解释富集结果。它支持从DOSE (Yu et al. 2015)、clusterProfiler (Yu et al. 201...
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filezilla连接不到服务器的多种原因以下三种情况是我目前遇到的三种导致连接不到服务器的情况，进行简要介绍。 不理解的话可以继续百度。 1. filezilla sever服务没有打开（解决办法：管理工具----...
