java -Xmx30g -jar /data/01/user158/kuangzhuoran/software/snpEff/snpEff.jar -v carmeli j...
发简信
IP属地：北京
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使用snpEff统计被注释为同义突变和非同义突变的SNP的数量
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仅作个人笔记 - 画猫单倍型基因组重组率那种图想画下图中的下半部分，基因组不同位置的重组率ref: https://doi.org/10.1038/s41588-023-01548-y[https://doi.org/1...
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基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价本文的部分内容来源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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哈喽
这部分基本就可以进行 phasing 了，但我在计算的时候，不知道什么原因，部分缺失位点的基因型，理论上应该是 ./. ，但部分位点变成了 . ，这会导致 phasing 过程无法读取文件，我也没查到怎么解决，就直接写了个 perl 脚本将 . 的基因型改为了 ./. 。
脚本见 ：修改 VCF 文件中错误编码的基因型
这一段可以忽略，大家可能不会遇到这个问题。
这个脚本可以分享一下吗基于重测序数据计算 iHS 选择信号
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于单倍型的选择信号检测软件。iHS 通过比较单倍型频率的衰减...
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@64f34fc9eec3 只跑完Agora也有数百个CAR的话，再运行ANGEs。。。或者数百个CAR里面，有些CAR基因数量很少，这样的不要也行
使用Agora/ANGEs构建祖先核型
0.忘了是在那篇文献看到的，用了Agora，再把Agora的输出结果喂给ANGEsAgora和ANGEs都是构建祖先核型的软件个人实测是Agora构建的结果太碎了, ANGE...
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LDdecay使用介绍介绍：使用PopLDdecay软件生成群体的LD衰减图。从大群体中提取subgroup的vcf作为PopLDdecay的输入。 使用PopLDdecay中程序Plot_Mul...
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有参二代重测序数据组装高质量基因组之前有一批样本坏掉了，DNA跑胶跑出来就不到10Kb，本着样本难得的心态，送去搞了点二代DNA重测序，想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组；又嫌弃illumina太贵，用...
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还在测试你发个🔨？
有参二代重测序数据组装高质量基因组
之前有一批样本坏掉了，DNA跑胶跑出来就不到10Kb，本着样本难得的心态，送去搞了点二代DNA重测序，想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组；又嫌弃illumina太贵，用...
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git上有最新版，这里的可能忘改了，慎用，出问题概不负责
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保守loop的鉴定 - 三维基因组
通过三维基因组的分析鉴定了一些loop（染色质环）想看这些染色质环在物种间是不是保守的，或者做一个核心loop，类似于泛基因组 2.保守loop的鉴定https://gith...
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Juicer:Hi-C数据处理分析（一）参考： [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop...
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用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性（全文约3500字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...
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@没有抱负的小飞鼠 大概是什么原因呀
跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定
0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
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hyphy计算选择压力(+pal2nal的使用)官网：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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@没有抱负的小飞鼠 ls *.cons.mod >all.cons.mod.list
ls *.noncons.mod > all.noncons.mod.list
这两步，应该是你要把所有的mod都放进mod.list中跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定
0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
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使用juicer进行三维基因组分析1.输入文件的准备创建一个文件夹，以物种名命名，比如:mkdir spalax_galili 在spalax_galili文件夹中再创建2个文件夹，分别命名为fastq和re...
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两个绘制韦恩图的网站
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ [http://bioinformatics.psb.ugent.be/w...