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单细胞利用机器学习筛选重要基因本文尝试利用机器学习模型中对特征值的筛选方法，来筛选单细胞中不同亚型中关键的gene。 1. 数据获取： 为方便我们从单细胞分析seurat对象过渡到python分析环境，以...
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单细胞与GWAS数据的联合分析复杂性状的细胞类型表达特异性整合（CELLECT）是一个计算工具包，用于识别复杂性状潜在的可能病因细胞类型。CELLECT利用现有的遗传优先级模型，在识别可能的病因细胞类型时...
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空间转录组分析-scanpy浅析前言 本文尝试粗浅了解scanpy模块在空间转录组分析过程中，简单的标准流程以及数据在源码的调用过程中进行的传递，以及封装下的底层函数的调用对象。 本次解读，只涉及到scan...
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@pudding815 这个准确的说，是需要我们进入python环境才可以查看到我们导入的模块的版本信息。如果想在shell环境下查看，需要借助pip包管理工具，例如 pip show pandas.
单细胞互作分析-cellphonedb
前言： 大家好，今天我们一起学习一下如何利用CellphoneDB对单细胞分析结果进行互作分析，当前CellphoneDB的最新版本是4.0.0，可以对单细胞中不同细胞群水平...
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单细胞转录调控分析-SCENIC1 简介： 转录因子 (transcription factors, TFs) 是与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录因子在...
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单细胞互作分析-cellphonedb前言： 大家好，今天我们一起学习一下如何利用CellphoneDB对单细胞分析结果进行互作分析，当前CellphoneDB的最新版本是4.0.0，可以对单细胞中不同细胞群水平...
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如何下载sra数据，转化fastq进行分析
前言 本文分享如何从NCBI数据库下载我们需要的数据，进行我们自己的数据分析。该过程的思路相对清晰，主要需要完成以下三个步骤。 1. SRA ID 号查询 1.1. 我们需要...
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10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...
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python_matplotlib_pyplotmatplotlib 面向对象的调用接口进行绘图比较烦琐，因此matplotlib还提供了快速绘图的pyplot模块，方便我们快速绘制 二维图表。 为了将matplotlib...
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pip 安装 ReadTimeoutError 问题
问题说明： 使用pip 安装模块的时候，因为网络问题，导致抛出异常：raise ReadTimeoutError(self._pool, None, "Read timed ...
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安装R包sodium
问题说明 今天安装sodium，出现问题，经常会报错：installation of package ‘sodium’ had non-zero exit status。其实...
