日本人的侵略让1937年12月的南京变成了一座鬼城。美国神甫英格曼管理下的威尔逊教堂成了一座暂时安全的孤岛，孤岛保护了十六位年轻的女学生。在这危机四伏的情况下，再也容不下更多人的教堂里来了一群妓女，三个伤兵由此开始了一个交织着人性的故事。
年轻的女学生以孟书娟为代表，对这群妓女充满了敌意，一方面是食物告急，十六个学生已经快没东西吃了，再加上十三个妓女，不知剩下的食物能吃多久。另一方面是身份地位的不对等，在学生们心里，妓女是社会底层，身份卑贱，不屑与她们为伍。是的，学生是高尚的，干净的，妓女是肮脏的，低贱的。这是小说的主要冲突，最后反而是低贱的妓女救了这群女学生，让读者一下子对妓女改观，其实高贵和低贱是表面现象，大家更多的都是人。孟书娟是一个有个性的女学生，她的心理活动特别丰富，她怨恨自己的父母不带她一起去美国，害的她深陷绝境，但是同学徐小愚有能力带她逃离绝境，她又不肯放弃尊严，低三下四的求她，宁可死在这里，也不可能求一个跟自己的不对付的人。孟书娟打从心眼里厌恶这些妓女，甚至叫骂出来，其实她是一个单纯的少女，不懂得隐藏自己的真实感情。她对赵玉墨产生了好奇，赵玉墨的妖娆是她永远也做不到的，她记住了赵玉墨。小说开头结尾都是以孟书娟在寻找赵玉墨为背景，没有孟书娟，就无法凸显妓女们身上的人情味。
教甫英格曼是一个在中国传教了三十多年的老人，他恪守教规，心地善良，有很高的道德修养，主要体现在危急关头，老神甫最终还是收留了这群妓女和三个伤兵，他知道这样做会带来什么，他最终没有把他们拒之门外。 他始终把保护女学生当做自己的职责，坚持到底。面对日本人的暴行，老教甫置自己生死于度外，义愤填膺的谴责，刺刀架在脖子上也不畏惧，这种精神令人感动。但他又对日本人有错误的判断，他坚持收走了戴涛的武器，导致了戴涛手无缚鸡之力的死亡。神职人员尽管高尚，但仍逃不脱自私自利的一面，老教甫最后的应对办法是牺牲妓女的生命来拯救学生，但他最终完成了自己的使命，将女生们安全的送走了。
赵玉墨是五星妓女，妓女中的高级妓女。在如此生死攸关的情况下，赵玉墨一舞，军人戴涛为她着迷，女学生们目不转睛，她的魅力并非一般妓女可比。她对他人有着同理心，她的出现给了军人戴涛所剩无几的生命一丝温暖，她的童年经历的坎坷让她明白世态炎凉，维护自己的尊严唯有靠自己，所以她做到妓女中的头牌。她对女学生老神甫有感激之心，对日本侵略者深恶痛绝，所以她可以毅然决然带领着其他妓女走向深渊。她的勇气，她的义气，她的大无畏精神，是整篇小说最漂亮的一笔。是的，妓女并非无情，妓女也是有血有肉的。
小说中的其他小人物也有着重要的作用。小妓女豆蔻有着悲惨身世，看到同样身世悲惨的小兵王浦生，她心生怜悯。王浦生受了重伤命不久矣，豆蔻为了给他弹最后一曲琵琶，在去找琵琶弦的路上被日本人糟蹋致死，而王浦生最后也死在刺刀下，他们的遭遇激起了教堂中众人对日本人的仇恨。女学生徐小愚的优越感寄托在大款父亲来救她，即使同处困境，有钱人还是有办法逃离，困难是给手无缚鸡之力的底层百姓的，人命不相同。法比是在中国长大的外国孩子，他有一颗中国心，他正直善良，他不喜欢这群妓女，不欢迎她们的到来，却同样肯定妓女也是人，不可以拿妓女的妓女的命换女学生的命，法比是正义的呼唤者，尽管在这乱世里，正义已经失去了力量。
《金陵十三钗》有矛盾，有冲突，有对敌人的仇恨，有生死悬念，有朝不保夕，有不同背景阶层的人，有人性的呼唤…让我们记住这群有情有义，有血有肉的妓女。
