Day3
昨天学习的是学习Linux的基础准备，以及几个简单常用的指令，今天准备学习Linux中软件的安装，软件的安装是基于conda这个软件和环境的管理系统，用conda可以很轻松地在Linux上安装软件，今天安装的是conda的精简版——miniconda，话不多说，走着。
miniconda安装
miniconda安装
强调，安装后一定要激活变量，否则conda代码都不能正常运行，若变量无法正常激活，或者安装失败，就用rm -f ~/miniconda3将整个目录删除重新安装
附上代码
- bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- ①sourece ~/miniconda3/bin/activate ②source ~/.bashrc
- 镜像代码
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
软件安装
用conta安装软件
附上代码
- conda install 软件名 -y
- conda remove 软件名 -y
conta环境变量的配置
因为不同的软件所要求的环境不同，甚至可能会起冲突，所以通过自行配置的方式，为软件创造特殊的环境，来满足不同软件的运行
conda环境变量配置流程
强调，配置时一定要-n，否则会报错，使用时一定要先激活
附上代码
- conda info --envs
- conda create -n xxxxx python=3 fastqc trimmomatic -y
- conda activate xxxxx
- conda deactivate
