前期记录
先确定目标基因
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(1)
然后对目的基因进行背景调查
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(2)磨刀不误砍柴工
设计sgRNA及引物
CRISPR-Cas9(三)--sgRNA设计好之后
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(3)sgRNA及引物设计
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(4)构建sgRNA+Cas9载体
golden gate构建好载体,酶切验证成功
293FT细胞转染验证
(1)sgRNA+pSpCas9载体用lipofectamine 3000转染至293FT细胞(按照转染试剂的说明书走),确保转染效率> 70%;
(2)72 h后收集细胞提取基因组DNA(按照基因组DNA提取试剂盒的说明书操作);
(3)使用事先设计好的引物进行PCR扩增,这里使用的酶是NEB公司的Q5 high-fidelity Polymerase,一切按照该酶的说明书严格操作;
(4)将目的条带切割下来并使用胶回收试剂盒回收DNA条带,一切按照胶回收试剂盒说明书进行操作;
(5)回收后的DNA样本,经T7 Endonuclease I 酶解验证错配DNA,部分结果如下:
验证成功,开始正式实验
时间飞逝,上次说提取质粒后验证,这部分就花了一天时间;加上打台风影响细胞复苏,耽误了1-2天,复苏细胞后隔一天立刻传代种板,第二天发现细胞稍微少了一点,又等了一天,转染后虽然是72h应该收sample,但细胞数目略少,可能提取不到足够的基因组DNA,所以让细胞又长了一天,直到百分之80以上的融合度(因为我用的是24孔板)。基因组DNA提取之后立刻进行Q5PCR,跑胶切胶回收,T7EI酶切再跑胶,这个骚操作一天做不完,分了两天做,所以就一下子花了将近十天时间,嘤嘤嘤,这要放在其他组,可能都要被老板骂死了。
为啥不提前准备好细胞,为啥不计数种板,为啥为啥为啥为啥,事实上我自己也觉得不满意,但好在最终得到了想要的结果,在还不确定自己的操作是否足够风骚的时候,请务必要小心谨慎,毕竟每一步都有可能出问题。我在新手期曾遇到过的问题如下:
转染效率没达到百分之70,最后找到原因是因为转染试剂过期,加大量之后就搞定了;
基因组DNA提取效率低,仅仅有几到十几ng/μL,质量也很差。这里需要注意的是,293FT细胞非常脆弱,一方面要保证足够的细胞量,另外一方面,由于该细胞贴壁不牢,可直接吹下收集去裂解,而不需要使用胰酶消化下来,再终止离心收集去裂解提取基因组DNA。
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Q5 PCR可能会出现问题,一般情况下Q5PCR是很稳妥的实验,但是前天我有一套sample全部都没有出条带,一时半会不能找到原因在哪里,这种时候我会将引物丢弃,重新配置PCR体系,保留原条件的同时,增加extension time,结果令人满意,不仅是原条件,新条件都出现了目的条带。说明我可能是在配样的过程中出现了问题。因此还是建议样本量大的时候还是要尽量耐心去check每一个步骤或者直接分开操作。
Q5PCR说了,在不加错样的情况下,一般是没有难度的,但一般胶回收可能会出现问题,同样是浓度低。那么需要注意的就是,琼脂糖凝胶尽量配厚一点,不要让样本从上样孔里面溢出来,一点点都不能浪费,那么操作胶回收实验的时候也要尽量保证不浪费,尽可能保留多一些DNA fragment,但最好的解决办法就是在Q5PCR步骤时要获取足够多的PCR产物。