CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(5)293FT细胞转染验证 and trouble shooting

前期记录

先确定目标基因
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(1)
然后对目的基因进行背景调查
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(2)磨刀不误砍柴工
设计sgRNA及引物
CRISPR-Cas9(三)--sgRNA设计好之后
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(3)sgRNA及引物设计
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录(4)构建sgRNA+Cas9载体

image.png

golden gate构建好载体,酶切验证成功

293FT细胞转染验证

(1)sgRNA+pSpCas9载体用lipofectamine 3000转染至293FT细胞(按照转染试剂的说明书走),确保转染效率> 70%;
(2)72 h后收集细胞提取基因组DNA(按照基因组DNA提取试剂盒的说明书操作);
(3)使用事先设计好的引物进行PCR扩增,这里使用的酶是NEB公司的Q5 high-fidelity Polymerase,一切按照该酶的说明书严格操作;
(4)将目的条带切割下来并使用胶回收试剂盒回收DNA条带,一切按照胶回收试剂盒说明书进行操作;
(5)回收后的DNA样本,经T7 Endonuclease I 酶解验证错配DNA,部分结果如下:


T7 EI

验证成功,开始正式实验

时间飞逝,上次说提取质粒后验证,这部分就花了一天时间;加上打台风影响细胞复苏,耽误了1-2天,复苏细胞后隔一天立刻传代种板,第二天发现细胞稍微少了一点,又等了一天,转染后虽然是72h应该收sample,但细胞数目略少,可能提取不到足够的基因组DNA,所以让细胞又长了一天,直到百分之80以上的融合度(因为我用的是24孔板)。基因组DNA提取之后立刻进行Q5PCR,跑胶切胶回收,T7EI酶切再跑胶,这个骚操作一天做不完,分了两天做,所以就一下子花了将近十天时间,嘤嘤嘤,这要放在其他组,可能都要被老板骂死了。
为啥不提前准备好细胞,为啥不计数种板,为啥为啥为啥为啥,事实上我自己也觉得不满意,但好在最终得到了想要的结果,在还不确定自己的操作是否足够风骚的时候,请务必要小心谨慎,毕竟每一步都有可能出问题。我在新手期曾遇到过的问题如下:

  1. 转染效率没达到百分之70,最后找到原因是因为转染试剂过期,加大量之后就搞定了;

  2. 基因组DNA提取效率低,仅仅有几到十几ng/μL,质量也很差。这里需要注意的是,293FT细胞非常脆弱,一方面要保证足够的细胞量,另外一方面,由于该细胞贴壁不牢,可直接吹下收集去裂解,而不需要使用胰酶消化下来,再终止离心收集去裂解提取基因组DNA。

  3. Q5 PCR可能会出现问题,一般情况下Q5PCR是很稳妥的实验,但是前天我有一套sample全部都没有出条带,一时半会不能找到原因在哪里,这种时候我会将引物丢弃,重新配置PCR体系,保留原条件的同时,增加extension time,结果令人满意,不仅是原条件,新条件都出现了目的条带。说明我可能是在配样的过程中出现了问题。因此还是建议样本量大的时候还是要尽量耐心去check每一个步骤或者直接分开操作。


    image.png
  4. Q5PCR说了,在不加错样的情况下,一般是没有难度的,但一般胶回收可能会出现问题,同样是浓度低。那么需要注意的就是,琼脂糖凝胶尽量配厚一点,不要让样本从上样孔里面溢出来,一点点都不能浪费,那么操作胶回收实验的时候也要尽量保证不浪费,尽可能保留多一些DNA fragment,但最好的解决办法就是在Q5PCR步骤时要获取足够多的PCR产物。

好了,暂时没有其他问题了,如果我还发现新困难,会继续更新trouble shooting,也欢迎各位小伙伴留言,说出你曾遇到的困难,以及解决方式,将非常感激。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,324评论 5 476
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,303评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,192评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,555评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,569评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,566评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,927评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,583评论 0 257
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,827评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,590评论 2 320
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,669评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,365评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,941评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,928评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,159评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,880评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,399评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容