1.绩效考核主体具有局限性。首先，《公务员考核规定（试行）》规定：“机关在年度考核时可以设立考核委员会”，这种方式不利于对公务员平时考核的监督。其次，考核结果容易受到领导意愿等人为因素的干涉，不能确保考核结果的客观性。最后，考核主体基本上局限在主管领导、本机关负责人或者授权的考核委员会之间。这对一些服务型岗位上的公务员，有一定的不合理。
2.考核内容不明确且结果等次偏少，难起激励作用。《公务员考核规定（试行）》对德、能、勤、绩、廉五方面有原则性解释，但过于空泛。这给各部门在设定具体指标体系时带来了困扰，不利于规范实施。同时，公务员年度考核结果仅分为优秀、称职、基本称职和不称职四个等次。为了避免公务员意见大，造成了称职的大平台现象，无法区别真正的好坏。
3.考核程序缺乏说服力，有失公平。当前我国公务员评估过程中，在各单位评估细则常常是由人事部门和主管领导单方面制定，往往忽视被评估者的参与，导致评估双方缺乏互动和互信。同时由于评估者的失误，评估过程经常受到评价者个人偏见、平均性倾向等影响，难以保证评估的公平性。
4.考核结果的不作为。我国的法律法规规定，公务员年度考评结果作为调整公务员职务、级别、工资以及公务员奖励、培训、辞退的依据。在实践中，往往忽略绩效评估结果的正确应用，没有根据公务员业绩表现制定专业发展和培训计划，也没有将评估结果与薪金调整、职务调整、选拔培训挂钩，往往使评估流于形式，绩效评估没有产生实际的效用。
