生信新手一枚 文章大部分是学习生信技能树的笔记 也会不断记录自己学习路上的收获和问题~~
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无生物学重复的差异分析—Gfold一、安装gfold Gfold软件是做没有生物学重复样本首选的软件https://zhanglab.tongji.edu.cn/softwares/GFOLD/index.h...
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中农在读博士，欢迎关注个人公号【BioparaMeta】一起学习、交流
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没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？设置生物学重复这个环节也是你实验设计很重要的一part，设置的好对你下游分析也有利，通常我们做转录组测序，需要的样本量每组至少为3个生物学重复，这个处理起来就很合理，并且现在...
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FPKM数据下游分析
前面分享了FPKM数据该怎么分析？后来看了一下别人分享的例子，应该把FPKM转换为TPM后再进行分析。为什么说FPKM和RPKM都错了？简单小需求：如何将FPKM转换成TPM...
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终止释放-20210320 - Free！公益释放 | 任何人都能分析 RNAseq 原始数据了，只要你用 TBtools ！写在前面 六年前，我着实开发 TBtools 的主要目的之一，即“减轻科研人员数据分析负担”，而后慢慢变化成现在的“降低甚至拆除部分生物信息学数据分析门槛”。基于这三五年的观...
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R语言获取数据3：导入Excel文件
工作中做数据分析的时候，偶尔会需要将一些 Excel 文件导入到R中使用，每次都转换成 csv 文件也不现实，而且不管是保存成 csv 还是 txt 文件，都只能保存当前活动...
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生信分析学习笔记 - RNAseq （三） FastQC评估声明：本文部分内容和部分图片来源于网络。本文为生信小白学习笔记，不能保证专业名词和内容全部正确或权威。 下图为某一条RNAseq从数据预处理，序列回帖到数据可视化...
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科研小白，努力搞科研，发文章中。这个平台算是我的学习笔记吧！
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RNASEQ（二）: PCA主成分分析对RNAsq的read count数据进行PCA分析 目的：PCA分析可以得到样本之间的相关性和离散程度。 内容：1 . 基因表达量数据进行标准化，用tpm和fpkm两种方法...
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零代码学生信第九天-差异分析的可视化有哪些？前面学习怎么做差异分析，差异分析的R包是需要根据数据进行选择的，前面我们提到了芯片数据一般用limma包做差异，高通量的二代测序如果是count数据（全是整数），可以选择使用...
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基因编辑改造的NK-92细胞功能变得如此强大！自然杀伤（NK）细胞由独特的先天淋巴样细胞群组成，具有多种细胞毒性机制和通过细胞因子调节免疫反应的能力，在抗癌免疫中扮演着关键角色[1]。在过去的五十年中，NK细胞的重要性和...
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完整转录组RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）前一段时间跟着孟浩巍大神的视频学习，在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程（ tophat2 + cufflink + cuffdiff ）虽然这个...
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湿实验伤手，干实验伤脑，干湿结合可能会更好。
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RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析这个推文已经发布在生信技能树公众号： RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
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如何构建表达矩阵——RNAseq中游分析
中游分析这个词是我杜撰的，用来强调表达矩阵构建过程并不简单。 0 前言 前几天Jimmy老师发了一篇 我用这个技能一杯咖啡的功夫就挣了800块钱，讲了他帮一个粉丝从公共数据库...
