双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...
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单细胞数据分析笔记3: 双细胞去除（DoubletFinder, scDblFinder) -
scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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利用集群(cluster)运行R脚本的技巧
1. 编写脚本 首先编写一个R脚本保存在当前目录下，例如HeatMap.R 然后编写一个串行作业脚本，例如pbs_heatmap.sh 2.提交作业脚本 使用 qsub 命令...
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NCBI下载SRA数据的4种方法作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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Seurat3.0对象及其操作列表seurat V3.0 命令列表https://satijalab.org/seurat/essential_commands.html[https://satijalab....
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为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现，我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中，对象是常见的，数据是多维的，往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的，Excel极大...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
