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群体遗传学习笔记-基础知识
群体遗传学介绍 传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能会看到有性繁殖的二倍体个体群体，而且这些种群没有重叠...
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绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...
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群体遗传学习笔记-测序技术学习
重测序技术简介 全基因组重测序(Resequencing)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。通过全基因组重测序，...
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系统发育基础知识介绍
系统发育学概念 系统发生（或种系发生、系统发育，phylogeny）是指生物形成或进化的历史。系统发生学(phylogenetics)研究物种之间的进化关系，其基本思想是比较...
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如何构建SNPs-based phylogenetic tree
如果根据SNP或者Indel 构建其系统进化树，可以展示群体中不同个体的相互关系，基因变异相似的往往会在同一个树的cluster中，一颗好的树可以给你一个群体大概的分类(你这...
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生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识，于是从github上找到了一份不错的教程，借此机会与大家一起学习一下。 该教程的总结 随机测序生...
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生物信息学的学习笔记
