前言 来到这里,已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到,我把我最厌恶的东西写出来, 居然是最多人看的...... 分析方法很多,这一小节吐槽官网的这一行代码,大神请...
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这个是物种的参考基因组吧,NCBI上就有
单倍型分析一、什么是单倍型? 在单倍型分析前,首先需要明白什么是单倍型、什么是基因单倍型? 一般来讲,所谓的单倍型是指同一染色体上不同变异位点的各种线性组合形式。那么基因单倍型自然就是...
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据,在做的过程中参考了很多资料,现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家,一些关键环节已经帮大家踩过坑了,相信跟着学习实践一定能够收获...
准备阶段 训练SNAP模型,需要准备三个文件,分别是参考基因组序列,组装的转录本序列和同源蛋白序列。 对于参考基因组序列,我们要保证N50需要超过预期基因长度的中位数,否则注...
绘制进化树的方法有很多,入门的MEGA,iTOL,evolview等,但是没有一个如ggtree这般高效简单,轻轻松松绘制高端进化树,废话不多说,直接看代码喜欢的小伙伴可以关...
原创 :黄小仙 大家好呀,今天小仙分享图是这个样子滴,边缘带有密度图的散点图。 Step1. 绘图数据的准备 首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在e...
安装并加载所需R包 基本用法 常用参数 加载并查看示例数据 基本数据格式: 前三列分别为SNP的名称,所在染色体,SNP的位置,后面每列为不同性状的P值,每个性状单独一列 默...
circlize包 circlize包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的,有兴趣的可以去看看他的Github主页。这个包有两个文档,一个是介绍基本原理的绘制简...
参考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口长度--out 是输出文件的前缀 使用R语言中的circlize包画图 参考 用circlize包绘制cir...
刘小泽上篇写于18.10.3 ,中篇写于18.10.4,下篇写于18.10.6学习障碍的规律往往是:不是因为它多难,而是因为你不知道它难不难!之前就见过各种文章中的复杂美观的...