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  • 比对软件STAR的使用

    在之前的学习和练习里,比对这一步我使用过bowtie2(DNA比对)和hisat2(RNA-seq比对),现在学习另一个很火的软件:STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...

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    第4章 读取微阵列数据

    4.1 本章范围 本章涵盖除Affymetrix以外的大多数微阵列类型。从Affymetrix GeneChips读取数据,请使用affy,gcrma或aroma.affym...

  • 生物数据格式 - wig

    格式 当我们把测序reads比对到参考基因组后,能够得到sam/bam文件。bam/bed格式的文件主要是储存了reads到底比对到参考基因组的区域信息,而wig、bigWi...

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    R语言挖掘GEO数据库实战之-GEO数据库的构成及网页点击下载

    基于web工具,用户可以对GEO存储的大量数据进行浏览,查询和可视化。通过四种编号GPL,GDS,GSE和GSM可以获得完整的平台,数据集,系列以及样本的信息. 其中属于用户...