@3_85a9 prokka 是做细菌病毒的吧。我是做植物的，基因预测现在用maker，里面集成了很多过去的预测软件，功能注释的软件就多了，不同的数据库都有对应的软件根据序列去检索注释，InterProScan可注释的数据库比较多。
「生信」基因组功能注释后的基因筛选目录写在前面功能注释数据库介绍方法一: 以KEGG的注释结果为主, 筛选出每个品种包含的特异通路及基因方法二: 利用pfam的注释结果, 过滤掉每个品种具有相同结构域的基因,...
WGCNA分析过程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一个module里所有基因相互之间的connectivity的weight值，根据这些值你可以将它们之间的...
一、需要的数据 （1）eggnog对基因的注释(名字例如叫:egg.tsv) TSV格式 （2）ko00001.json文件 下载地址：https://www.genome....
这篇文章可以让你学到什么？ 可以让你把这样的图： 通过设置各种参数修改为这样自定义的图： 一、 本文使用的数据 我们使用R内置的数据集Chickweight来进行画图的学习，...
安装并加载所需R包 基本用法 常用参数 加载并查看示例数据 基本数据格式： 前三列分别为SNP的名称，所在染色体，SNP的位置，后面每列为不同性状的P值，每个性状单独一列 默...
首先按下 ⌘Command + ⌥Option + I（Windows 为 F12）快捷键，召唤出调试界面。调试页面 按下 ⌘Command + ⇧Shift + P（Win...
简介 柱状图一般用于，当我们都有一组分类变量以及每个类别的定量值，而我们关注的主要重点是定量值的大小时。 应该在柱状图背景保留横网格线，便于比较我们关注的值。 当分类labe...
更新于2020.10.29 在进行正式的mapping记录之前，先记录一下bwa与bowtie2在mapping这个环节的情况。 一般对于WGS结果的mapping，一般推荐...
什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
概念回顾 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为...
基因组survey 在组装基因组之前一定要先对要组装的物种有一个大致的了解，判断其复杂程度, 标准如下 基因组大小：基因组越大，测序花的钱越多 简单基因组: 杂合度低于0.5...
GCE下载安装 在Linux系统下，直接在下载链接ftp中下载安装。 GCE主要包含两个主程序：kmer_freq_hash，用于k-mer频数统计；gce，用于基因组特征评...
软件安装 软件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass这个软件已经许...
一般来说，PCA分析2个图够了，以iris数据为例，在经过PCA分析后，我们可以得到第一章碎石图，表示PC1，2，3，4的特征向量值，可以据此选择保留的主成分（通常选择特征向...
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识，于是从github上找到了一份不错的教程，借此机会与大家一起学习一下。 该教程的总结 随机测序生...
MAKER配置文件详解 本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_cont...
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列（...
