这个应用程序结合了多种工具,用来分析蛋白质-蛋白质之间的相互作用。它可以计算结合能、埋藏界面的面积和其他相关的指标。大部分代码是为接口建模协议设计的一个模块,主要用于这个领域...
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simple_cycpep_predict 旨在快速采样受骨架环化约束的小肽闭合构象。这些小肽可以由L-或D-氨基酸残基、非手性氨基酸残基、类肽残基或L-或D-寡脲残基的任意...
GLP1-GLP1R GLP-1:胰高糖素样肽-1(glucagon-like peptide-1,GLP-1)是一种主要由肠道L细胞所产生的激素,属于肠促胰素(incret...
语义分割和数据集 语义分割(Semantic Segmentation)是计算机视觉中的一项任务,旨在将图像中的每个像素标记为属于不同语义类别的一部分。与传统的图像分类任务不...
常用的算法 区域卷积神经网络(R-CNN)系列 R-CNN R-CNN首先从输入图像中选取若干(例如2000个)提议区域(如锚框也是一种选取方法),并标注它们的 和 。然后,...
计算机视觉是指通过计算机和算法对图像和视频进行理解和分析的领域。它涉及图像处理、模式识别、机器学习和人工智能等技术,旨在使计算机能够模拟和解释人类视觉系统的功能。 以下是计算...
这个时候只需要在pymol的conda环境下下载pyqt5就好,命令如下:
Global Ligand Docking using XMLObjects Using the ref2015.wts Scorefunction 这个Jupyter笔记本...
初始化PyRosetta并设置输入姿势: 在进行配体优化之前,让我们使用pyrosetta.distributed.viewer来查看输入的pdb文件的情况: 重新启动Jup...
Overview 在这里,我们将介绍Rosetta中可以帮助对接的许多类型的Mover,以及用于对接的FoldTree。请注意,DockMCMProtocol是Rosetta...
前言 我们之前讨论的多层感知机十分适合处理表格数据,其中行对应样本,列对应特征。 对于表格数据,我们寻找的模式可能涉及特征之间的交互,但是我们不能预先假设任何与特征交互相关的...
环肽 线状多肽作为药物可能天生就不稳定,在细胞内蛋白水解的可能性很高。考虑到游离酸和游离胺位于两端,它们通常也是极性的。环化促进了环结构内的分子内氢键,降低了分子的外部氢键能...
模型的过拟合 将模型在训练数据上拟合的比在潜在分布中更接近的现象称为过拟合(overfitting),出现这种现象的主要原因是训练数据中存在噪音或者训练数据太少。 可以看出在...
Overview 本节的目的是使用您在前几节中学习的内容创建协议。在本教程中,我们将准备抗体抗原结合结构,在抗体上进行点突变,记录结合强度的变化,并生成显示能量差异的热图。该...
Overview Initialize PyRosetta: 让我们设置PDB的从头螺旋的pose,以进行下游设计:5J0J[https://www.rcsb.org/str...
通常来说matplotlib可以画2-3组的韦恩图,但是当我们有更高的需求的时候,例如需要画4组以上的韦恩图,matplotlib就难以满足我么的需求了。在询问了GPT老师之...
Rosetta 下载 下载Rosetta,首先都需要去申请license,对于学生更为友好,可以免费的下载。申请 License[https://www.rosettacom...
rifdock的下载和安装说明可参考https://github.com/rifdock/rifdock 分别基于服务器gcc是12.1,9.4的版本,安装了Rosetta ...
什么是穿膜肽 多肽、蛋白质和基因类生物大分子药物在许多疾病的治疗中发挥着重要的作用,但由于其尺寸较大 和低亲脂特性,导致其不能有效穿过细胞膜,使得这些具有治疗价值的生物大分子...
什么是Transformer Transformer是一个面向sequence to sequence任务的模型,在17年的论文《Attention is all you n...