简介 单细胞测序技术是近十年最伟大的科学进展之一，其涵盖多方面的内容。scRNA-seq想必大家都较为熟悉，但是scATAC-seq出现在大家印象中的次数并不多，但是这种现象...
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scATAC数据分析的正确打开方式-Signac
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单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scATAC-seq的上游数据处理中的...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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Seurat绘图函数总结（更新版）更多重要函数见：Seurat重要命令汇总[https://www.jianshu.com/p/104f9290af8b] Seurat绘图函数总结 在使用R语言进行单细胞数据...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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一网打尽scRNA矩阵格式读取和转化(h5 h5ad loom)scRNA矩阵存储的文件格式有10X单细胞测序数据、h5、h5ad、loom：10X单细胞测序数据经过cellranger处理后会得到矩阵的三个文件：matrix.mtx...
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技术 | 单细胞转录组测序之10x Genomics10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术平台，可以应用于多种单细胞测序上，包括Single cell gene expression, Single cell I...
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Signac::Enhence_CoveragePlot 的参考实现方案效果图 Signac中的 CoveragePlot是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具，常用于 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessib...
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为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据在我们涉足单细胞数据分析不久之后就会发现，我们在和一套新的理念打交道。在这套理念中，对象是常见的，数据是多维的，往往是一张核心表及其附属。我们对一张表是熟悉的，Excel极大...
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单细胞数据科学四大过程组两大知识领域与三重境界很多朋友问是如何保持阅读量的，其实，大部分是之前的存货。有一部分是每有会意，把之前的旧书拿出来再翻一翻，做个导图放上来的。今天，我想和大家分享一点最近对单细胞数据科学的理解，...
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10X cellranger-atac 参数与Web Summary结果cellranger-atac count 参数 ArgumentDescription--idA unique run ID string: e.g. sample34...
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