1939年2月10日，日本在澄迈湾登陆，正式入侵海南岛，海南岛守备力量薄弱，只有不足四千多人，根本就不是日寇的对手，仅仅在两个月之后，日本就占领了海南岛全境，甚至都没有遭受太大的抵抗，此后驻扎在海南岛的兵力一直维持在两万人左右，只有国民党抗日派将军王毅还在做零星的抵抗。

1939年3月，日军为了巩固武汉会战的战果，由岗村宁次亲自率队，向南昌进攻，镇守南昌的是罗卓英，此时城内守备力量较弱，罗卓英率部坚持抗战10昼夜之后，撤出南昌，日本人占领南昌之后，以为大功告成，便从南昌撤走不少兵力，此时南昌城内只剩下了一个建制不全的101兵团，一个月后，国军反攻南昌，上官云相率领32集团军和29集团军的陈安宝奇袭南昌，而罗卓英泽率领三个军切断南浔线，组织日寇南下的援军，4月21日深夜，南昌城内混进去一个便衣队，偷袭日寇，日寇一夜数惊，城内大乱，但是驻扎在城外的79师师长段朗如胆怯不敢入城，错过了最佳事迹，冈村宁次得知南昌被攻击之后，急调海军陆战队和空军的支持，罗卓英抵挡不住，援兵南下，合围位于城外的上官云相，29军军长陈安宝中弹牺牲，26师师长刘雨卿身负重伤，战役一直持续了54天，蒋介石见攻城无望，便下达了撤退的命令。至此，南昌落入日寇手中。

1939年8月，日军在攻下广州之后，为尽快打通粤汉铁路，聚集10万兵力进攻粤汉铁路的枢纽，长沙，匪首依旧是岗村宁次，长沙乃是重庆的屏障，在历经武汉，南昌守城失败之后，此时国民党内部内部也分化出两派，一派以白崇禧为首，主张弃，因为长沙不似武汉，长沙北部多是河流冲击平原组成的，除了几条不是非常宽的河流之外，根本无险可守，可以说是易攻难守的四战之地，另一派则是薛岳，坚持要守，当时的蒋介石比较倾向于弃，当时的蒋介石抗张思想是以空间换时间的焦土抗战，对于能够守住长沙，心里也没有底气。

更重要的是，当时的长沙人根本不信蒋介石，也可以说是恨之入骨，就是因为蒋介石的焦土抗战，去年11月，日本人攻占岳阳，蒋介石误以为日军要继续南下进攻长沙，于是下令湖南省主席张治中，要求他实行焦土抗战，烧毁长沙城，部署完成之后，不知怎么凌晨两点在伤兵医院门口突然提前燃起大火，其他火位的人一看还以为任务提前了，于是纷纷举火，由于烧毁长沙城的命令师秘密的，城内百姓不知道，结果大火熊熊燃起，直接烧死了三万平民，90%的房屋被烧毁，经济损失十几亿元，更重要的是，长沙城被烧毁之后，日军并未进攻长沙，这导致舆论对蒋介石口诛笔伐，蒋介石暴跳如雷，把长沙从省政府，到警备司令，包括张治中，一撸到底，杀了三个警备团长。从此长沙人便恨上了蒋介石。

薛岳见蒋介石心中已经有弃的心思，知道自己说不动蒋介石，便打电话给宋美龄，声泪俱下陈述守卫长沙的重要性，宋美龄说道，谁都知道长沙的重要性，但关键是，你能守住吗，薛岳痛哭流涕，说道，我以个人声明作保证，一定以血肉之躯保卫长沙，一死报效蒋委员长，如若战败，则我必自杀以谢天下苍生，在宋美龄的斡旋之下，蒋介石终于同意了薛岳的意见，决定保卫长沙。

日军兵分三路，分别自赣西，鄂南，湘北进攻长沙，其中湘北为主攻，其余两侧为辅攻，湘北第一战则是在新墙河北岸，镇守在这里的是的国军部队师15集团军关麟征和52军团张耀明，其中张耀明的52军是台儿庄大捷的参与部队之一，作战顽强不怕死，52军195师第3营营长史恩华率领五百勇士与日寇血战草鞋岭，三天三夜，整营全部殉国，无一苟活，关麟征与张耀明在新墙河北岸与日寇血战四天四夜，损失惨重，不得不撤到南岸狙击渡河敌人，日寇在飞机大炮的掩护之下，先后八次渡河，全部被击退，新墙河浮尸遍地，水流阻塞，日寇见无法渡河，不惜动用毒气弹，毒死不少勇士，战至第四天，薛岳给前线打电话，说只要求达到消耗目的，不要求一地一城的得失，损失巨大，可后撤，关，刘二位将军方才撤走，

这其实是薛岳发明的天炉战法，以先锋部队顶到日军前头，大量消耗敌人，消耗过大，便分开至两边，后续部队继续顶上，两边部队负责包抄，这种战法让岗村宁次吃了大亏。

第二道战线围绕汨罗江展开，日军再次遭受重大伤亡，关麟征和刘耀明部队修整之后，于后路包抄日军，日军进攻屡次受挫，其人员物资的消耗极大，覃异之率195师与张汉初的25师在长沙以北构筑防线，把日军死死顶在捞刀河以北，这里也是日军距离长沙最近的地方。

薛岳的天炉战法不拘泥于阵地战，也不同于游击战，而更像是两者的结合，正面配备杀伤力强的重武器，侧面又有部队牵制，不计较一城一地的得失，以杀伤为主，敌进我退，敌退我进，就像是弹簧一样，越是压迫他，后劲越强，冈村宁次越战越是心惊，在得知鄂南，赣西两路辅攻也被阻挠之后，10月1日，日军宣布后撤，对战机极为敏锐的薛岳将军，敏锐地捕捉到了日军后劲不足的缺点，马上令部队追击，不过多日战斗，国军损伤也十分大，加上又害怕是日本人佯撤，所以错失了战机，只是跟在日本人后面收复失地，到10月10日，双方恢复战前状态，仍是隔着新墙河对峙，第一次长沙会战，以胜利而告终。

第一次长沙保卫战日军伤亡四万余人，但是这个数字，多少带点水分，当时是双十节，蒋介石要用这场胜利，鼓舞全国的抗日士气。

中国在长沙取得的成果还未能维持多久，很快，坏消息就传来了，11月，日军第五师团，海军陆战队共计三万余人，突然在广西钦州湾登陆，在占领钦州之后，24日攻占南宁，据守昆仑关，切断了广西和越南的交通线，给国民政府的后勤补给造成了极大的威胁，更重要的是，南宁作为重庆的后方，一旦失手，日军就可以此为空军基地，向重庆投放空降兵，蒋介石遂派白崇禧于四川，湖南，湖北，广东以及广西本地划拉十个师共计20万人，更是给支援了200架飞机，两个营又两个连的炮兵，坦克若干辆，可以说，蒋介石对于收复南宁是志在必得。

白崇禧麾下的第五军，是进攻昆仑山的精锐，军长杜聿明，第五军是中央军的精锐，但是饶是精锐，人数也优于日本人的情况下，战事依旧不利，第五军打残了一个师，付出整整两天的代价，几乎全歼日第五中队，日本来援的第五师21旅被国军第一师阻挡在九塘，旅团长中村正雄被击毙，31日正式收复昆仑关，日军反扑，11月3日复夺昆仑关，中方则是占据外围据点，由于日军孤立无援，离自己的大本营太远，导致后勤补给跟不上，最终日军于11月10日全线撤军，广西再无日军侵扰。

蒋介石为了配合桂南攻势，在桂南攻势的同时，在正面战场集结55万人，主动对发动冬季攻势，想要一举收复南昌和武汉，战事开始还较为顺利，日军因为大军都被抽走，兵力不足导致节节败退，但是由于顾祝同调配不到位，担负右翼作战的郭勋祺部掉了链子，导致这场声势浩大的冬季攻势无疾而终。

在发动桂南攻势，冬季攻势的同时，蒋介石命令驻扎在山西的傅作义部进攻包头，包头市有很坚硬的防御工事，如果强攻，伤亡会非常大，傅作义灵机一动，采用了增灶之计，假意率领后撤100里，沿路修建防御工事，日方和蒙古伪军以为傅作义只是想被动防守，故而没有任何准备，12月19日，深夜，傅作义率领奇兵突袭包头，日伪军完全没有发现国军行踪，还没来得及进入工事，便被傅作义一举拿下，击毙两名联队长，消灭五千多日伪军，正在傅作义要扩大战果继续追击之时，阎锡山扯了后腿，发动了晋西事变，导致傅作义的攻势也就此作罢。

去年阎锡山在日军的进攻之下，一溃千里，丢掉了山西，而后日军对于山西的掌控能力减弱，导致山西敌后成立了大片的敌后武装力量，阎锡山一直视山西为自己的地盘，在他眼里，山西不能丢给日本人，所以他要打，但是也不能丢给共产党，当时国共尚且统一战线，阎锡山背不起叛国叛党的责任，于是就收买了许多在敌后武装的反共分子，之前尚有傅作义的军队管制，他们还不敢干出太出格的事情，此次傅作义远赴绥远，敌后抗日便出了动乱，不过随后就被镇压了，这就是晋西事变。晋西事变之后，汪精卫投日，阎锡山看着风光的汪精卫，也有倒向日寇的危险，中共派出薄一波，好容易把劝说阎锡山的思想又给拉了回来。

1939年，总而言之，国民党将领和共产党将领提出了对于中国现阶段的抗日战争不同的分析，毛泽东认为战争还是处在战略相持阶段，而蒋介石认为，中国已经具备了反攻的能力，趁着日军入侵桂南分散兵力，蒋介石在华中和华北接连发动了冬季攻势和绥远之战，虽然毙敌数万，但是没有收复蒋介石想要收复的城市，国军损失也十分巨大，事实证明，蒋介石的判断是错误的，而毛泽东的判断则是正确的。

共产党在1939年也打出了一场漂亮仗，在1939年年底，日本一千五百多名鬼子进攻晋察冀敌后根据地，被民兵和游击队消灭了五百多人，缴获了大量武器，之后独立第二旅团长，中将阿部规秀亲率1500精锐部队进攻太行山，被晋察冀边区游击队击溃，歼敌近千人，阿部规秀也被击毙，阿部规秀的死引起了日本高层的震动，称之为，名将之花，凋谢在太行山上，中将级别的将领阵亡，在皇军成立之后，未曾有过。

1938年-1940年八路军已经由原来最初的三万多人，成长为40多万人，大大突破了重庆方面给的编制，实力已经不容小觑，这也让蒋介石心中产生了不满情绪。