seqtk的R1和R2的seed需要设置相同的数目
fastq文件随机取样问题(适于大数据)3M的reads是指3000000的read num 1G是指总的数据量 涉及到fastq文件(大约13个g)随机取样，看的文献用的seqkit，但我试了几次并没有取到3M的...
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fastq文件随机取样问题(适于大数据)
3M的reads是指3000000的read num 1G是指总的数据量 涉及到fastq文件(大约13个g)随机取样，看的文献用的seqkit，但我试了几次并没有取到3M的...
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-S中*.bw就是同时多个文件了
使用deeptools画热图和平均图
ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制，我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安装是用c...
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compare脚本
最近因为运行软件脚本丢失，所以决定以后存到网上，此脚本是比较fastq文件是否相同的行数序列相同 import gzip from datetime import datet...
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ATAC下游分析所用工具
阅读文献Chromatin accessibility changes between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells ...
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如何对基因组序列进行注释基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction...
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用python分割fastq文件的脚本（自写）
唠唠叨叨： 因为处理ATAC-seq的原始fastq数据太大（已知GEO号在ncbi上下载），所以被老师要求用python编程分割fastq脚本，其实用软件seqkit就可以...
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python编程学习之路
最近导师逼着开始学编程，没办法，只能一点点啃了，有时间记录下我写的简单python小程序，哈哈，我比较懒，先开个贴 python需要练习，看别人写的代码和自己打印到电脑屏幕里...
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使用deeptools画热图和平均图ATAC后续可视化生成的热图和平均图可以用R包进行绘制，我这里选的是deeptools里的bamCoverage和computeMatrix功能 deeptools安装是用c...
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浙江大学八年制医学生
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R安装Bioconductor我看的一些安装Bioconductor都是用 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("包名字") 但是...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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公众号：「谢伟」<br><br>唯有深入，才能浅出。<br><br><br>Github: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fwuxiaoxiaoshen" target="_blank">https://github.com/wuxiaoxiaoshen</a><br><br>Bilibili: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fspace.bilibili.com%2F10056291%2F%23%2F" target="_blank">https://space.bilibili.com/10056291/#/</a><br><br>知乎：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fwu-xiao-shen-16" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/wu-xiao-shen-16</a><br>
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor对基因组注释
这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。就我目前而言，它用来解决如下问题： 在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可...
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ATAC-seq小记
最近一直在探索ATAC-流程，之前疫情在家的时候跟着练习了WGS和JCVI流程，有一个一个软件练习下来的， 也有借着脚本出图的 ATAC-seq练习到找peaks的步骤，因为...
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