与核基因组相比，细胞器基因组相对来说，更为保守，并且序列较短，更加易于组装，仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法，仅供参考。 1 数据 本...
IP属地：山西
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二代数据组装叶绿体基因组 -
Iqtree2：新模型高效构建系统发育树
系统发育推断（phylogenetic inference）的算法五花八门，从最简单的UPGMA法，到邻接法（neighbor joining）、最大简约法（maximum ...
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chapter24:seqkit使用查看fastq总体信息 root:~/refs# seqkit stat duplicated-reads.fq.gz seqkit fx2tab 1.取序列名seqkit ...
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一条小咸鱼
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samtools 工具
参考文章：https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/6805373.html1、view主要功能：sam和bam文件之间相互转换，针对bam文...
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samtools使用大全
samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看...
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Unicycler二代、三代混合组装、矫错、抛光
导读 Unicycler傻瓜组装法。 文章：Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and l...
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简单介绍IGV软件的安装和使用
最近遇到了一个售后，客户在使用IGV时遇到问题，我之前也没有用过此软件。现在便把安装过程记录一下。 IGV（The Integrative Genomics Viewer）这...
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samtools常用命令
1. view Usage: samtools view [options] | [region1 [...]] 默认情况下不加 region，则是输出所有的 regio...
