HIFI技术的简介 HiFi reads（High fidelity reads） 是Sequel II 三代测序平台推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，一般采用CCS（C...
IP属地：湖南
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HiFi全基因组测序技术 -
宏基因组学/群体遗传学 方向
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使用Agora/ANGEs构建祖先核型0.忘了是在那篇文献看到的，用了Agora，再把Agora的输出结果喂给ANGEsAgora和ANGEs都是构建祖先核型的软件个人实测是Agora构建的结果太碎了, ANGE...
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基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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完结 | TBtools RNAseq 数据分析系列插件注： 没想好怎么释放才对得起前期支持开发的朋友们。月内有空再说吧。 -- 简而言之，本文部分内容只适合看看，无法实操。 写在前面 恍恍惚惚，一个多月就过去了。七月底，我在公号...
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大牛建议：回复审稿人的十个步骤
最近有一篇文章在网上广为流传，题目叫做：How to Write a Response to Reviewers in Ten Easy Steps【1】。听起来是不是有点像...
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生信技能树：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公众号：优雅R 生物数据分析QA，技术文档与博客，需要你的参与。 ……………………………… 欢迎在简书创作和做笔记的生信学习者、爱好者以及相关编程人员加入本专题，贡献你的文字，无论是原创还是笔记，我们需要你，将本专题打造为生信知识宝库、交流平台。 内容可以是对生物信息学与算法知识相关资源的收集、整理，以及原创笔记： * R * Python * Perl * Linux 工具与编程 * 绘图 * 统计 * 计算生物学 * 各类算法 * 机器学习
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从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)这一部分承接 从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)，对之前的布局进行调整，使结构更加适合于发表。 染色体的位置顺序 默认情况下是会显示所有的染色体，而且会先从ath1到ath...
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Word 学术写作标准化排版
Word 学术写作标准化排版 一、 目的是？ 一切自动化，凡是低水平重复劳动，全部交给电脑自动化完成，你只需 操作一次。 二、 准备工作 Office 2007版本以上，20...
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烟草瞬时表达（亚细胞定位/BiFC）参考方法：https://www.bio-protocol.org/bio101/e1010133[https://www.bio-protocol.org/bio101/e...
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ggplot2绘制-堆叠柱形图参数细讲
ggplot2绘制-堆叠柱形图参数细讲 昨天我们主要说了如何使用群落微生物的物种属水平丰度表来绘制堆叠柱形图。但是昨天没有对ggplot2来绘制堆叠柱形图的具体参数来说明，那...
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用python从gbff文件中直接提取cds序列
首先，我们要了解一下什么是GBFF文件 GenBank纯文本文件格式(GenBank flatfile， 简称GBFF) GBFF是GenBank数据库的基本信息单位 GBF...
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如何用WGDI进行共线性分析(下)
在上一篇教程的最后，我写道「我们能够更加直观的观察到2个peak，基本确定2个多倍化事件」。这里就引出了一个问题，为什么我们可以根据peak来推断多倍化时间？在Lynch和C...
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如何用WGDI进行共线性分析(上)多倍化以及后续的基因丢失和二倍化现象存在于大部分的物种中, 是物种进化的重要动力。如果一个物种在演化过程中发生过多倍化，那么在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的...
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实验技术（1）——载体构建相关常规载体构建原理及流程较为简单，具体操作也比较容易。这里进行简单总结，并对几点需要注意的点进行说明。 原理依赖于限制性核酸内切酶，DNA连接酶和其他修饰酶的作用，分别对目的基...
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使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提...
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我的生信自学心得分享
这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。 我有一个自己的博客，xu...
