signatureDB - B cell数据库CancerSEA - 癌症单细胞KIT(肾脏单细胞数据库):http://humphreyslab.com/SingleCel...
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介绍 凭借经济高效的全基因组测序和广泛公开的数据,新一代生物信息学方法进入了超高通量领域。例如,最近发表的覆盖度超过30x的 10 多个小麦基因组的组装或用泛基因组取代单一参...
适用背景 在单细胞分析中,必要的一步是对每个细胞进行注释,这相当于给每个细胞打个标签,或者说起个别名,这些信息都存在@meta.data信息里,所以不用特意去更改细胞名字,S...
可以再win10 的Linux 子系统上装上述软件,也可以在win10 安装Anaconda3 后在cmd 中运行。不过建议还是在集群或者超算上运行,比对分析挺费资源且需要大量的时间。
MISO 可视化学习miso是一个可变剪接可视化软件,对mRNA水平或者外显子水平的可变进行可视化; 官网 https://miso.readthedocs.io/en/fastmiso/#vi...
cell maker cancer cells:EPCAM, CD24, SOX4, KRT18 T cells: CD2, CD3D, TRAC, TRBC2 Treg...
每次解决一个小问题,久而久之,你就解决了一个大麻烦: 单细胞比例的展示,常见的是堆叠柱状图,但是有一个小问题,比较上不明显,那么如果将文字比例添加到图上,那么就一目了然了。使...
作者,Evil Genius 最近见到了很多研究者,真的是不把单细胞轨迹分析当回事,拿到样本不定义直接跑monocle,这能对么?我看了都着急,基本理论要多多学习啊~~~,网...
@李丹扬 感谢,我也在github上找到了一些早期的函数具体信息。其他网友也反馈了这个情况,作者正在重构R包。
基于单细胞测序的蛋白活性推断(PISCES)分析流程笔记,凎!写在前面 感谢califano-lab[https://github.com/califano-lab]团队将代码无私的分享出来=。=! 本流程需要一点点R语言与linux基...
我也在测试中遇到了这个问题,请问您是如何解决的?我想是不是软件包迭代后这个函数变了,或者其他原因?
基于单细胞测序的蛋白活性推断(PISCES)分析流程笔记,凎!写在前面 感谢califano-lab[https://github.com/califano-lab]团队将代码无私的分享出来=。=! 本流程需要一点点R语言与linux基...
一般在conda创建的环境中,安装R软件是安装在 miniconda3/env/your_env/lib/R/library 目录,但是后期在安装其他软件时,会在 家目录下创...
你这是误人子弟啊,真正的原因亲测是没有安装BiocParallel包。最初的报错是找不到register函数,而不是无法多核运行,之前手撸RcisTarget的时候测试过win10上用R是可以多核运行的,另外源码里调用register函数前一行就是library(BiocParallel)...
下载 解压 修改权限 ak和sk是OBS账号提供,endpoint为OBS存储分区
第一种,在EBI 查找,https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home[https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/ho...
单细胞技术正在加强我们对细胞本身的理解。什么是细胞类型,不就是基因选择性表达的结果吗?而基因的选择表达受到一系列的转录调控,在这个意义上,细胞命运背后的驱动力在于各自转录因子...
老板,好像有人抄袭你的文章呢,https://blog.csdn.net/weixin_42124743/article/details/112681618
R语言指定列取交集然后合并多个数据集的简便方法之前录制过一期视频介绍过这个内容,他的基本需求就是:他有5份数据集,每一份数据集都是每行是一个基因,每列是一个样本,值是对应这个基因的表达量。他想将5个数据集中的共有基因找出...
轨迹分析系列: 单细胞之轨迹分析-1:RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析(Pseudot...